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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS中建造石墨烯的周期性结构，如何得到立方形的盒子
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voleyes

银虫 (正式写手)

[求助] 在MS中建造石墨烯的周期性结构，如何得到立方形的盒子

导入graphite后得到的是个菱形的盒子，我想建一个立方盒子，然后导入gromacs进行模拟，怎么做啊？
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1楼 2012-10-10 17:21:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

smx07131301

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-11 14:10:07
你可以通过lattice参数栏，改γ角为90度，相应的边长也应变长
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坚持就是胜利！
3楼2012-10-11 08:06:06
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-12 15:52:34
建立一个大一些的菱形盒子，然后切成立方体不就行了
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2楼2012-10-10 21:30:15
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voleyes

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smx07131301 at 2012-10-11 08:06:06
你可以通过lattice参数栏，改γ角为90度，相应的边长也应变长

改了角度之后，整个结构变形了，压扁了
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4楼2012-10-11 19:44:59
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voleyes

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-10 21:30:15
建立一个大一些的菱形盒子，然后切成立方体不就行了

我想要一个周期性的表面，如果切了，就不是连续的表面了
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5楼2012-10-11 19:56:39
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mxiangying

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
voleyes: 金币+2, ★有帮助 2012-10-12 09:28:10
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-12 14:05:03
重新定义晶体内一组正交的方向作为晶轴的abc,这样你的晶体既保留了周期性，又是个方盒子
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曰新月异
6楼2012-10-12 09:23:16
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voleyes

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mxiangying at 2012-10-12 09:23:16
重新定义晶体内一组正交的方向作为晶轴的abc,这样你的晶体既保留了周期性，又是个方盒子

谢谢，请问在MS中怎么重新定义呢
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7楼2012-10-12 09:28:55
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mxiangying

新虫 (小有名气)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-12 14:05:17
引用回帖:
7楼: Originally posted by voleyes at 2012-10-12 09:28:55
谢谢，请问在MS中怎么重新定义呢...

built- symmetry- rebuild lattice
自己计算一组正交的基矢输入即可。
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曰新月异
8楼2012-10-12 13:55:35
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o58285880

银虫 (小有名气)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-14 21:45:27
引用回帖:
8楼: Originally posted by mxiangying at 2012-10-12 13:55:35
built- symmetry- rebuild lattice
自己计算一组正交的基矢输入即可。...

自己可以计算出来石墨烯的结构非常对称的，建立个2乘2或者4乘4的放大。做个P1，然后你想立方就立方，长方也可以。但是要计算好边界
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。。。。。。
9楼2012-10-13 21:58:51
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zuocuiping

木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by voleyes at 2012-10-12 09:28:55
谢谢，请问在MS中怎么重新定义呢...

请问你会了吗？
嫩故能分享i点经验呢？
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10楼2014-04-07 16:38:39
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