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julyrush5530铁虫 (初入文坛)
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NEB计算问题求助 已有1人参与
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模型：溴苯在Cu111上断裂C-Br键， NEB过渡态搜索。 问题：不能收敛，计算差不多2个小时，导出发现各个Image苯环结构明显变形，（因为初末态原子不匹配，我把它们的溴苯原子先匹配好，然后都采用末态的基底，初态结构几乎没有变化，这样产生的Image苯环都是完整的，反应路径也是和我预想大致一样）。 我尝试过，固定断键的原子，先让每个Image独自优化，然后再替换POSCAR，删除每个Image不必要的文件，再做NEB。这个的话跑了很久，苯环结构没有坏，但和以前一样，01Image能量总是不能和好的收敛，波动很大，力更是变动得离谱。  INCAR01.png  INCAR02.png  nebef.png  nebef01.png |
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julyrush5530
铁虫 (初入文坛)
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8楼2015-06-03 15:46:04
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
julyrush5530: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-05-27 10:13:29
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julyrush5530: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-05-27 10:13:29
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“因为初末态原子不匹配，我把它们的溴苯原子先匹配好，然后都采用末态的基底，初态结构几乎没有变化，这样产生的Image苯环都是完整的，反应路径也是和我预想大致一样”1.初末态原子都不匹配如何做NEB？2.你处理后的初态没有再次优化，说明结构是不稳定的，也不能进行下一步计算。 “我尝试过，固定断键的原子，先让每个Image独自优化，然后再替换POSCAR，删除每个Image不必要的文件，再做NEB。”3.你把NEB中运动的原子都固定了再计算还有什么意义？4.VASP是等间距插点，你删除其中的某些对计算肯定有影响。 我不做NEB对你的INCAR不评论。关于nebef中第二列是Image间距，你那明显不合理。 所以你还是老老实实的一步步来，先优化好初态，然后由初态得到末态，再根据初末态做NEB吧 |
2楼2015-05-27 08:58:36
julyrush5530
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 谢谢大侠的回复。1、2：我因为要把基地的最下面两层固定，使用wxDragon产生的POSCAR（它把原子按Z轴高度排列，打乱了原来的排序）方便我固定。请问您是用什么产生POSCAR的，VESTA可以，但好像得自己一个个挑出来固定，我的体系有140多个原子，这样子太不方便了。 我觉得您说得是对的，我也考虑这个稳态问题，所以替换基底后把初态跑了一次发现整个过程能量几乎没变。吸附态能量在表面上几乎一样的，所以我也就默认了，主要是我没有很好的方法产生POSCAR。 3，4: 这里是因为我跑了一个把小时苯环结构就散掉了，当初我认为是差值产生的IMAGE结构不合理（其实没多大问题，键长什么的都还在合理范围内），我也没办法，想着先固定断键的两个原子然他们单独优化（不是NEB），优化完了我发现能量基本是一个合理的抛物线，然后我再把，每个IMAGE的CONTCAR拷成POSCAR（并且把POSCAR的元素符去掉，松开固定原子），删掉INCAR,KPOINTS,脚本文件。让NEB接着这个跑，这样的话跑了接近一天，其中有一个态的能量和文献的过渡态能量很接近了，一直在那个值附近波动。但第一个IMAGE总是不能很好收敛其受的力大的离谱，能量时高时低。 希望你给我指点下，我觉得产生POSCAR很关键，因为以前做H2分解时，NEB就可以跑，只是没加VDW能量不准，但其他都很接近。 |
3楼2015-05-27 10:10:58
julyrush5530
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4楼2015-05-27 10:21:25
