| 查看: 2346 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
julyrush5530铁虫 (初入文坛)
|
[求助]
NEB计算问题求助 已有1人参与
|
|
|
模型：溴苯在Cu111上断裂C-Br键， NEB过渡态搜索。 问题：不能收敛，计算差不多2个小时，导出发现各个Image苯环结构明显变形，（因为初末态原子不匹配，我把它们的溴苯原子先匹配好，然后都采用末态的基底，初态结构几乎没有变化，这样产生的Image苯环都是完整的，反应路径也是和我预想大致一样）。 我尝试过，固定断键的原子，先让每个Image独自优化，然后再替换POSCAR，删除每个Image不必要的文件，再做NEB。这个的话跑了很久，苯环结构没有坏，但和以前一样，01Image能量总是不能和好的收敛，波动很大，力更是变动得离谱。  INCAR01.png  INCAR02.png  nebef.png  nebef01.png |
回复此楼» 猜你喜欢
22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术
已经有4人回复
-
材料专硕英一数二306
已经有7人回复
-
南京大学化学376求调剂
已经有6人回复
-
南昌大学材料专硕311分求调剂
已经有5人回复
-
295求调剂
已经有6人回复
-
一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600
已经有9人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有15人回复
-
308求调剂
已经有3人回复
-
321求调剂
已经有11人回复
-
一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- GGA+U计算讨论
已经有18人回复
- 求助如何计算速度自相关函数。
已经有12人回复
- 过渡态计算求助？
已经有7人回复
- 关于Vasp TST Tools的NEB计算中的SS NEB计算问题
已经有7人回复
- 过渡态优化问题求助
已经有13人回复
- neb过渡态收敛问题
已经有12人回复
- G-SSNEB方法的过渡态搜索
已经有7人回复
- 计算过渡态报l999错误
已经有12人回复
- 用VASP计算NEB都十几天了还不收敛，急啊！！！
已经有8人回复
- VASP计算neb的步骤
已经有14人回复
- vasp 计算 dimer的问题
已经有4人回复
- vasp neb 加压，如何修改INCAR ?
已经有12人回复
- NEB计算扩散路径的力收敛精度设置问题
已经有16人回复
- vasp计算neb忽然停掉了！如果想继续算我应该怎么办呐？
已经有8人回复
- 计算neb出错，请高手帮忙看看
已经有27人回复
- 【求助成功】爬坡弹性带方法（NEB）的具体内容
已经有5人回复
- 【求助】请教CNEB
已经有15人回复
- 【求助】DPM的计算步骤
已经有5人回复
- 【求助】关于CI-NEB
已经有21人回复
- 【求助】速度自相关函数怎么算
已经有4人回复
- 【求助】关于vasp NEB
已经有8人回复
- 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?
已经有19人回复
- 【讨论】NEB寻找过渡态专题讨论
已经有49人回复
julyrush5530
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 散金: 11
- 帖子: 15
- 在线: 8.2小时
- 虫号: 1670617
- 注册: 2012-03-06
- 性别: GG
- 专业: 有机分子功能材料化学
4楼2015-05-27 10:21:25
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
julyrush5530: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-05-27 10:13:29
感谢参与，应助指数 +1
julyrush5530: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-05-27 10:13:29
|
“因为初末态原子不匹配，我把它们的溴苯原子先匹配好，然后都采用末态的基底，初态结构几乎没有变化，这样产生的Image苯环都是完整的，反应路径也是和我预想大致一样”1.初末态原子都不匹配如何做NEB？2.你处理后的初态没有再次优化，说明结构是不稳定的，也不能进行下一步计算。 “我尝试过，固定断键的原子，先让每个Image独自优化，然后再替换POSCAR，删除每个Image不必要的文件，再做NEB。”3.你把NEB中运动的原子都固定了再计算还有什么意义？4.VASP是等间距插点，你删除其中的某些对计算肯定有影响。 我不做NEB对你的INCAR不评论。关于nebef中第二列是Image间距，你那明显不合理。 所以你还是老老实实的一步步来，先优化好初态，然后由初态得到末态，再根据初末态做NEB吧 |
2楼2015-05-27 08:58:36
julyrush5530
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 散金: 11
- 帖子: 15
- 在线: 8.2小时
- 虫号: 1670617
- 注册: 2012-03-06
- 性别: GG
- 专业: 有机分子功能材料化学
 谢谢大侠的回复。1、2：我因为要把基地的最下面两层固定，使用wxDragon产生的POSCAR（它把原子按Z轴高度排列，打乱了原来的排序）方便我固定。请问您是用什么产生POSCAR的，VESTA可以，但好像得自己一个个挑出来固定，我的体系有140多个原子，这样子太不方便了。 我觉得您说得是对的，我也考虑这个稳态问题，所以替换基底后把初态跑了一次发现整个过程能量几乎没变。吸附态能量在表面上几乎一样的，所以我也就默认了，主要是我没有很好的方法产生POSCAR。 3，4: 这里是因为我跑了一个把小时苯环结构就散掉了，当初我认为是差值产生的IMAGE结构不合理（其实没多大问题，键长什么的都还在合理范围内），我也没办法，想着先固定断键的两个原子然他们单独优化（不是NEB），优化完了我发现能量基本是一个合理的抛物线，然后我再把，每个IMAGE的CONTCAR拷成POSCAR（并且把POSCAR的元素符去掉，松开固定原子），删掉INCAR,KPOINTS,脚本文件。让NEB接着这个跑，这样的话跑了接近一天，其中有一个态的能量和文献的过渡态能量很接近了，一直在那个值附近波动。但第一个IMAGE总是不能很好收敛其受的力大的离谱，能量时高时低。 希望你给我指点下，我觉得产生POSCAR很关键，因为以前做H2分解时，NEB就可以跑，只是没加VDW能量不准，但其他都很接近。 |
3楼2015-05-27 10:10:58
5楼2015-05-27 14:45:10
