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苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题

之前一直用VASP做基础的构型优化、表面吸附等基态性质计算  最近开始尝试进行AIMD计算  主要模拟矿物表面溶剂化和离子分子水合构型。现有如下几个疑问  还望不吝赐教

1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？

2. 按照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4915756&fpage=1&target=blank 提供的算例输入文件尝试模拟了一个10倍体H2O分子簇  分别设置了1000步和3000步  一直未达到收敛  求分析（INCAR如下）


3. 针对我的主要计算内容，VASP-AIMD的一般计算步骤是什么？数据结果分析一般如何进行？


多谢各位！！！

初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题
QQ截图20150515020058.jpg
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界面吸附计算化学
1楼 2015-05-15 02:04:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
苦逼牛逼: 金币+5 2015-05-15 09:06:22
ljw4010: 金币+5, 谢谢指导解答！ 2015-05-15 20:09:37
1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？
一般不用，除非你要用NPT系综或其他加速动力学方法；不过最好还是编译一下Gamma点版本，因为MD的体系一般比较大。

2. 按照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4915756&fpage=1&target=blank 提供的算例输入文件尝试模拟了一个10倍体H2O分子簇  分别设置了1000步和3000步  一直未达到收敛  求分析（INCAR如下）
未收敛是离子步未收敛还是电子步没收敛？最好把结果文件给出来。


3. 针对我的主要计算内容，VASP-AIMD的一般计算步骤是什么？数据结果分析一般如何进行？
一般步骤是先弛豫，在进行动力学模拟。数据分析可以用VMD或者自己编一些脚本处理
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
7楼2015-05-15 08:09:34
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普通回帖

苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
先自顶
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界面吸附计算化学
2楼2015-05-15 02:06:26
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dmbb
★
苦逼牛逼(金币+2): 谢谢参与
3楼2015-05-15 02:28:17
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wasxnbe
4楼2015-05-15 04:36:37
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★
苦逼牛逼: 金币+2 2015-05-15 07:51:44
路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
5楼2015-05-15 07:34:09
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苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 阿Q~~ at 2015-05-15 07:34:09
路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~

hahaha。。。。好MM
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界面吸附计算化学
6楼2015-05-15 07:51:47
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好男人￥

金虫 (著名写手)

宇宙无敌灌水王
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想问问楼主，第一性原理主要学习什么，研究什么，希望得到回复!谢谢
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乌拉拉~
8楼2015-05-15 08:37:32
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苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by magicmonk at 2015-05-15 08:09:34
1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？
一般不用，除非你要用NPT系综或其他加速动力学方法；不过最好还是编译一下Gamma点版本，因为MD的体系一般比较大。

2. 按照http: ...

这是log输出的最后几个离子步  电子步整个都很容易收敛。还有就是通过看哪个参数可以近似预判离子步的收敛性  多谢！
初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题-1
QQ截图20150515085905.jpg
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界面吸附计算化学
9楼2015-05-15 09:05:36
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
苦逼牛逼: 金币+2 2015-05-15 09:23:42
引用回帖:
9楼: Originally posted by 苦逼牛逼 at 2015-05-15 09:05:36
这是log输出的最后几个离子步  电子步整个都很容易收敛。还有就是通过看哪个参数可以近似预判离子步的收敛性  多谢！

QQ截图20150515085905.jpg
...

你这个MD应该已经完成了呀，我之前的说法有问题，MD的离子步没有收敛一说，跑完就可以了
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
10楼2015-05-15 09:20:13
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