应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题
261/3返回列表123下一页
查看: 5333  |  回复: 25
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题

之前一直用VASP做基础的构型优化、表面吸附等基态性质计算  最近开始尝试进行AIMD计算  主要模拟矿物表面溶剂化和离子分子水合构型。现有如下几个疑问  还望不吝赐教

1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？

2. 按照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4915756&fpage=1&target=blank 提供的算例输入文件尝试模拟了一个10倍体H2O分子簇  分别设置了1000步和3000步  一直未达到收敛  求分析（INCAR如下）


3. 针对我的主要计算内容，VASP-AIMD的一般计算步骤是什么？数据结果分析一般如何进行？


多谢各位！！！

初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题
QQ截图20150515020058.jpg
回复此楼

» 本帖@通知

@cenwanglai @gavinliu7390 @jizw0704 @mxl10000 @nwx_ky @valenhou001

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
界面吸附计算化学
1楼 2015-05-15 02:04:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
苦逼牛逼: 金币+5 2015-05-15 09:06:22
ljw4010: 金币+5, 谢谢指导解答！ 2015-05-15 20:09:37
1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？
一般不用，除非你要用NPT系综或其他加速动力学方法；不过最好还是编译一下Gamma点版本，因为MD的体系一般比较大。

2. 按照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4915756&fpage=1&target=blank 提供的算例输入文件尝试模拟了一个10倍体H2O分子簇  分别设置了1000步和3000步  一直未达到收敛  求分析（INCAR如下）
未收敛是离子步未收敛还是电子步没收敛？最好把结果文件给出来。


3. 针对我的主要计算内容，VASP-AIMD的一般计算步骤是什么？数据结果分析一般如何进行？
一般步骤是先弛豫，在进行动力学模拟。数据分析可以用VMD或者自己编一些脚本处理
赞一下(1人) 回复此楼
我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
7楼2015-05-15 08:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
先自顶
回复此楼
界面吸附计算化学
2楼2015-05-15 02:06:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dmbb
★
苦逼牛逼(金币+2): 谢谢参与
3楼2015-05-15 02:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wasxnbe
4楼2015-05-15 04:36:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★
苦逼牛逼: 金币+2 2015-05-15 07:51:44
路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~
赞一下 回复此楼
自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
5楼2015-05-15 07:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 阿Q~~ at 2015-05-15 07:34:09
路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~

hahaha。。。。好MM
回复此楼
界面吸附计算化学
6楼2015-05-15 07:51:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好男人￥

金虫 (著名写手)

宇宙无敌灌水王
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想问问楼主，第一性原理主要学习什么，研究什么，希望得到回复!谢谢
赞一下 回复此楼
乌拉拉~
8楼2015-05-15 08:37:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by magicmonk at 2015-05-15 08:09:34
1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？
一般不用，除非你要用NPT系综或其他加速动力学方法；不过最好还是编译一下Gamma点版本，因为MD的体系一般比较大。

2. 按照http: ...

这是log输出的最后几个离子步  电子步整个都很容易收敛。还有就是通过看哪个参数可以近似预判离子步的收敛性  多谢！
初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题-1
QQ截图20150515085905.jpg
赞一下 回复此楼
界面吸附计算化学
9楼2015-05-15 09:05:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
苦逼牛逼: 金币+2 2015-05-15 09:23:42
引用回帖:
9楼: Originally posted by 苦逼牛逼 at 2015-05-15 09:05:36
这是log输出的最后几个离子步  电子步整个都很容易收敛。还有就是通过看哪个参数可以近似预判离子步的收敛性  多谢！

QQ截图20150515085905.jpg
...

你这个MD应该已经完成了呀，我之前的说法有问题，MD的离子步没有收敛一说，跑完就可以了
赞一下 回复此楼
我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
10楼2015-05-15 09:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 苦逼牛逼 的主题更新
261/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +6 llllkkkhh 2026-03-18 6/300 2026-03-18 15:32 by cmz0325
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +6 慕寒mio 2026-03-16 6/300 2026-03-18 14:26 by 007_lilei
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +16 不知道叫什么！ 2026-03-15 18/900 2026-03-17 17:05 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭