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苦逼牛逼

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by magicmonk at 2015-05-15 09:20:13
你这个MD应该已经完成了呀，我之前的说法有问题，MD的离子步没有收敛一说，跑完就可以了...

哦 原来是这样。  那这个NSW的步数设置有啥讲究没 到底是设置多少步合理？ 是不是很据总的simulation time  比如说2ps  time step设为1fs  则NSW=2000  是这个意思嘛？？
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界面吸附计算化学
11楼2015-05-15 09:28:59
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。。 2015-05-20 09:12:24
引用回帖:
11楼: Originally posted by 苦逼牛逼 at 2015-05-15 09:28:59
哦 原来是这样。  那这个NSW的步数设置有啥讲究没 到底是设置多少步合理？ 是不是很据总的simulation time  比如说2ps  time step设为1fs  则NSW=2000  是这个意思嘛？？...

这个设置一要看文献，二要看体系的是否已经达到平衡
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8078160
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8122404
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3352981
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7294762&target=self&page=3
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
12楼2015-05-15 09:33:06
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★ ★
苦逼牛逼: 金币+3 2015-05-18 10:28:48
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10楼: Originally posted by magicmonk at 2015-05-15 09:20:13
你这个MD应该已经完成了呀，我之前的说法有问题，MD的离子步没有收敛一说，跑完就可以了...

说得对~
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13楼2015-05-15 12:45:35
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gaobin521
14楼2015-05-16 19:31:44
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xiaochong8693

木虫之王 (文坛精英)
哈哈～飘过～留下满满的祝福
祝福楼主 一切顺利
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15楼2015-05-16 20:12:52
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sungjen

银虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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7楼: Originally posted by magicmonk at 2015-05-15 08:09:34
1. 现用VASP版本为5.2.2   进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗？
一般不用，除非你要用NPT系综或其他加速动力学方法；不过最好还是编译一下Gamma点版本，因为MD的体系一般比较大。

2. 按照http: ...

为什么要弛豫呢 ？分子动力学模拟之后构型不就完全变了吗 、
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希望有一天成为大神
16楼2015-06-04 20:07:32
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
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16楼: Originally posted by sungjen at 2015-06-04 20:07:32
为什么要弛豫呢 ？分子动力学模拟之后构型不就完全变了吗 、...

初始结构必须合理
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
17楼2015-06-04 21:27:10
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sungjen

银虫 (著名写手)
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17楼: Originally posted by magicmonk at 2015-06-04 21:27:10
初始结构必须合理...

初始结构肯定是合理的啊 ，如果优化的话，ISIF 怎么设置呢 ？
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希望有一天成为大神
18楼2015-06-05 12:45:10
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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18楼: Originally posted by sungjen at 2015-06-05 12:45:10
初始结构肯定是合理的啊 ，如果优化的话，ISIF 怎么设置呢 ？...

就是结构弛豫呀，这有啥好说的，手册上都有
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
19楼2015-06-05 12:47:40
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sungjen

银虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by magicmonk at 2015-06-05 12:47:40
就是结构弛豫呀，这有啥好说的，手册上都有...

哦 刚学vasp 模拟MD，主要是想模拟加热淬火，再想请问下那个具体的步鄹。看了文献上面说的不是很详细。
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希望有一天成为大神
20楼2015-06-05 13:03:12
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