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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白质与小分子进行刚性对接时，蛋白质需要能量最小化吗？
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zixun2013

新虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白质与小分子进行刚性对接时，蛋白质需要能量最小化吗？ 已有5人参与

如题
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1楼 2015-05-08 15:21:20
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wbf3ng

金虫 (小有名气)
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你的蛋白质结构哪来的？手工画的吗？一般是晶体结构，就不需能量最小化了。

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2楼2015-05-08 19:00:18
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bobbycn

木虫 (正式写手)
★
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优化下氢吧，位点残基用受体柔性对接处理

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3楼2015-05-09 07:30:19
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chenglong_li

铁杆木虫 (正式写手)
★
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对接所用若是蛋白晶体结构的话，其是不含氢的，需要先添加氢。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平。
4楼2015-05-09 16:25:05
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
★
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应该需要加氢优化，因为在bound和unbound状态下，蛋白构象具有差异。先对unbound(晶体结构)状态进行优化，再进行对接，考虑配体周围残基的柔性（主链和侧链），这样对接后可以和unbound做对比，找出构象差异，也可说明配体结合后诱导蛋白构象发生变化。
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超人不会飞
5楼2015-05-10 13:53:11
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
★
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如果从蛋白数据库中下载的晶体结构，最好不要优化了；如果是同源建模获得的，可以考虑能量最小化
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6楼2015-05-13 09:50:07
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