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zixun2013

新虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白质与小分子进行刚性对接时,蛋白质需要能量最小化吗? 已有5人参与

如题
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wbf3ng

金虫 (小有名气)


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你的蛋白质结构哪来的?手工画的吗?一般是晶体结构,就不需能量最小化了。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-05-08 19:00:18
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bobbycn

木虫 (正式写手)


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优化下氢吧,位点残基用受体柔性对接处理

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-05-09 07:30:19
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chenglong_li

铁杆木虫 (正式写手)


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对接所用若是蛋白晶体结构的话,其是不含氢的,需要先添加氢。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2015-05-09 16:25:05
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
应该需要加氢优化,因为在bound和unbound状态下,蛋白构象具有差异。先对unbound(晶体结构)状态进行优化,再进行对接,考虑配体周围残基的柔性(主链和侧链),这样对接后可以和unbound做对比,找出构象差异,也可说明配体结合后诱导蛋白构象发生变化。
超人不会飞
5楼2015-05-10 13:53:11
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)



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如果从蛋白数据库中下载的晶体结构,最好不要优化了;如果是同源建模获得的,可以考虑能量最小化
6楼2015-05-13 09:50:07
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