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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3如何实现真空层在计算后不改变
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yuanlh

木虫 (小有名气)

[交流] Dmol3如何实现真空层在计算后不改变

利用Dmol3计算二维结构如石墨烯,真空层（即c值）刚开始设18A，计算后变小了。有人说的dmol3不支持固定坐标，可怎么做才能保证真空层不变。是计算完再把真空层调回初始值吗（网友指点这样做，但我怀疑）。
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静心做研究
1楼 2015-05-07 17:19:01
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卡开发发

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yuanlh: 金币+2, 谢谢回复。可是我想优化结构。catep计算太慢了，试着用demol3做，首先优化二维平面结构，然后在做吸附。 2015-05-11 14:33:18
把Geom Opt的More中的Opt cell去掉，这样Lattice Vector始终不变。
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2楼2015-05-07 17:21:31
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

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石墨烯如果要弛豫结构的话要么对石墨进行晶格的优化，或者直接对石墨烯做不同晶格常数后用抛物线插值得到最佳晶格常数。
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3楼2015-05-11 15:36:23
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yuanlh

木虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-11 15:36:23
石墨烯如果要弛豫结构的话要么对石墨进行晶格的优化，或者直接对石墨烯做不同晶格常数后用抛物线插值得到最佳晶格常数。

非常感谢你的关注，谢谢！！！
但对于“或者直接对石墨烯做不同晶格常数后用抛物线插值得到最佳晶格常数”我不太明白。
我没有优化石墨结构，是利用网上大家说的方法得到石墨烯原胞，然后扩大到3*3超胞，在这个结构中删除一些原子得到有缺陷的石墨烯（我主要研究这个结构），对于这个结构才开始优化，然后在这个优化结构好的结构上做吸附。我这样做是否是错的。
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静心做研究
4楼2015-05-11 18:15:04
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卡开发发

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4楼: Originally posted by yuanlh at 2015-05-11 18:15:04
非常感谢你的关注，谢谢！！！
但对于“或者直接对石墨烯做不同晶格常数后用抛物线插值得到最佳晶格常数”我不太明白。
我没有优化石墨结构，是利用网上大家说的方法得到石墨烯原胞，然后扩大到3*3超胞，在 ...

石墨烯如果用slab模型描述的话除了c方向应当固定，a与b方向相等，你可以做一组数，如a和b同时±0.5的范围都做一次不opt cell的计算，体系的能量原则上在这个范围上存在一个能量最低点，这个最低点可以通过将不同a,b与能量拟合抛物线得到。
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5楼2015-05-11 21:08:09
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yuanlh

木虫 (小有名气)
我用Castep做，没优化石墨结构，删除一层后，改变C值；建立3*3超胞；删除一些碳原子，固定C值；几何优化（opti cell 勾选）；结果得到          a =    7.493753          alpha =   90.000000
                                                b =    7.494083          beta  =   90.000000
                                                c =   18.000000          gamma =  119.987592
我再试试如优化石墨结构，看结果是否差别很大。
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静心做研究
6楼2015-05-12 14:33:46
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卡开发发

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6楼: Originally posted by yuanlh at 2015-05-12 14:33:46
我用Castep做，没优化石墨结构，删除一层后，改变C值；建立3*3超胞；删除一些碳原子，固定C值；几何优化（opti cell 勾选）；结果得到          a =    7.493753          alpha =   90.000000
                   ...

这样不行，如果用Optcell的方法做的话，石墨的结构只能先优化，之后再删层。
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7楼2015-05-12 18:14:14
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yuanlh

木虫 (小有名气)
！请问专家，我如利用183P6MM空间群建立结构，再添加原子（0.333,0.667,0.5），得到晶胞，再建立超胞，得到所需要的结构然后利用OptiCell再优化结构是否可行。
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静心做研究
8楼2015-05-14 09:45:06
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卡开发发

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8楼: Originally posted by yuanlh at 2015-05-14 09:45:06
！请问专家，我如利用183P6MM空间群建立结构，再添加原子（0.333,0.667,0.5），得到晶胞，再建立超胞，得到所需要的结构然后利用OptiCell再优化结构是否可行。

单胞建立完成就可以优化晶格了，为啥要建成超胞再去优化？
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9楼2016-08-12 10:48:46
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