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cyx0516

木虫 (正式写手)

[求助] 水分子的加氢问题 已有4人参与

我的一系列晶体都涉及游离水和结晶水分子的加氢问题,个别氢加上后,checkcif就会出现如下的A类或B类错误
PLAT222_ALERT_3_B Large Non-Solvent    H    Uiso(max)/Uiso(min) ..        7.5 Ratio
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H13B   ..  H16B    ..       2.00 Ang.
       请问,我是否可以对个别不合理的H原子不加,而在回复审稿人的意见时,说明H无论是残峰加氢还是理论加氢均不合理,所以选择放弃氢,不知这样的解释审稿人是否会通过。
另外,是否有办法可以解决这个问题
先谢谢大家帮忙。
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匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信


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感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-04-28 19:12:55
本帖仅楼主可见
2楼2015-04-28 17:02:20
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cyx0516

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lich666 at 2015-04-28 17:02:20
第一个错误你水上氢温度因子要设成-1.5。
一般不会找不到的,除非游离水同周围没有氢键作用。

能找到,但找到后会出现第二个错误
3楼2015-04-28 19:12:37
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10 2015-04-29 07:58:46
差值傅立叶加氢之后你限制一下距离 分别限制氢与母体之前的距离和两个氢之间的距离
命令是
dfix 0.85 0.01 h1a o1 h1b o1
dfix 1.39 0.01 h1a h1b
以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
4楼2015-04-28 19:24:42
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10 2015-04-29 08:39:44
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-04-29 11:09:19
引用回帖:
4楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-04-28 19:24:42
差值傅立叶加氢之后你限制一下距离 分别限制氢与母体之前的距离和两个氢之间的距离
命令是
dfix 0.85 0.01 h1a o1 h1b o1
dfix 1.39 0.01 h1a h1b

这样会更好一些
dfix 0.85 0.01 h1a o1 h1b o1
dang 1.39 0.02 h1a h1b
DFIX限制1,2距离,DANG限制1,3距离。
5楼2015-04-29 07:42:10
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cyx0516

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by calebby at 2015-04-29 07:42:10
这样会更好一些
dfix 0.85 0.01 h1a o1 h1b o1
dang 1.39 0.02 h1a h1b
DFIX限制1,2距离,DANG限制1,3距离。...

氢是可以加上的,而且修完也合理,但chedkcif会有下述错误,除了反复尝试,还有没有其他办法。或者个别氢我不加行不?
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H13B   ..  H16B    ..       2.00 Ang.
谢谢
6楼2015-04-29 07:58:18
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sdujjt

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10 2015-04-29 11:09:09
是水上的氢原子指向不对,我认为可以不加,合理解释就可以了。
生命像一条大河
7楼2015-04-29 10:25:21
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