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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 单晶里有机分子上 N-H 的加氢问题 求助~~ 顺便求拜师学习单晶解析
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youngkmt

金虫 (正式写手)

[求助] 单晶里有机分子上 N-H 的加氢问题 求助~~ 顺便求拜师学习单晶解析

新人小菜鸟一只，求助各位老师~
这是个磷酰化氨基酸，单晶质量还不错，初始R比较低，结构也已经被其他手段证明了（NMR MS IR等）理论上，分子里的N上应该有一个H，可能是我技术有限，无论是理论加氢（总是给我默认加2个氢）或者是从Q峰找H（修完后N-H键总是缩小到0.45A，check cif时老是报错说我N-H键过短 我尝试用DFIX 0.88 去限制N-H键长，但是还是出现问题 PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H    Uiso(max)/Uiso(min) ..       10.0 Ratio）。我实在是没辙了，所以来求助各位老师同学~能否帮我看看，顺便教教我如何处理。不胜感激~~

单胞内有两套一样的分子，我在想是不是有氢键作用什么的我没解出来？
文件在附件中的rar文件里，分子结构图在里面也有，劳烦各位老师同学啦~~


BTW 本人小菜鸟一只，组里是做纯有机合成的，没有做过单晶的基础。周围懂的人也不多，我们学校管CCD的老师说他不会解，其他组倒是认识个师姐很懂，但是她们组平时特别忙，她也没空教我，偶尔帮我处理几个数据，但是我也没学到什么东西。
自己买书来啃也就啃到现在这个菜鸟水平，处理些简单晶体，遇上无序 氢键什么的就两眼一抹黑的，尝试了好多还是没学会，希望能找个人拜师一下。
因为我实在很想把这门学好，各位老师同学如果愿意教我的话，我自己想了几个方案
一个是按合作的方式在将来发表的论文中co author，我们老师平时也很鼓励我们多去跟其他组交流合作。或者另一种想法是我自己掏钱（惭愧的是本人只是个学生，闲钱不多，可以适当给点学费，但是我也认为学习付学费是应该的）；再者还有一个想法是，因为我的擅长领域是做有机合成（有机分子或空敏水敏的金属有机化合物），或许可以帮助到您。
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    • 2014-10-17 21:55:51, 145.9 K

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1楼2014-10-17 21:56:02
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
youngkmt: 金币+100, ★★★★★最佳答案, 谢谢您~ 2014-10-18 15:48:53
没法系统的叫你了，祝你好运
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    • 2014-10-17 22:29:03, 1.43 M
以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
2楼2014-10-17 22:28:12
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)
关于加氢的问题很容易，看我res文件里dfix那部分就行，N及O上的氢差值傅立叶加，然后dfix
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H    Uiso(max)/Uiso(min) ..       10.0 Ratio
这个问题   差值傅立叶找得的氢  最后的数改成-1.5000就行
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
3楼2014-10-17 22:33:18
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
youngkmt: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您，不好意思啊 前面有人先回答了~追加5个金币谢谢你~~ 2014-10-18 15:50:02
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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    • 2014-10-17 23:43:04, 1.23 M
准备架人
4楼2014-10-17 23:46:11
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wang#zheng

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
youngkmt: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您，不好意思啊 前面有人先回答了~追加5个金币谢谢你~~ 2014-10-18 15:50:11
yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy
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    • 2014-10-18 00:40:10, 271.37 K
5楼2014-10-18 00:40:19
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youngkmt

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2014-10-17 22:33:18
关于加氢的问题很容易，看我res文件里dfix那部分就行，N及O上的氢差值傅立叶加，然后dfix
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H    Uiso(max)/Uiso(min) ..       10.0 Ratio
这个问题   差值傅立叶找得的氢 ...

谢谢您啊，能否请问下，差值傅里叶加 是指的通过Q峰加吗？
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6楼2014-10-18 18:40:43
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)
引用回帖:
6楼: Originally posted by youngkmt at 2014-10-18 18:40:43
谢谢您啊，能否请问下，差值傅里叶加 是指的通过Q峰加吗？...

对，加完了，你可以自己试试固定氢
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
7楼2014-10-18 18:45:24
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youngkmt

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2014-10-18 18:45:24
对，加完了，你可以自己试试固定氢...

好的哈，也是用DFIX命令对吧？
我理论加氢的时候自动把羧基上的H加上去了，应该删掉然后重新从Q峰里找对吧？
这几天有点忙，改天学习的时候有问题再来请教您~  谢谢哈~~
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8楼2014-10-20 15:23:58
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