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Insecta_A铜虫 (小有名气)
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[交流]
关于popGene数据输入的问题
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我是利用SSR标记分析蚜虫遗传多样性，现在进行的是SSR引物筛选，通过PAGE图看到有多态性的引物共9个位点，然后想分析这9个位点在5个地理种群中的等位基因数、等位基因频率、Ne、h、PIC。我已经把每个位点的0,1矩阵转换好了，但是就是不知道咋转换成popgene需要的格式？ 我在看网上的教程时，有这样几个疑问（蚜虫为单倍体）： 1.Number of populations 就是指那5个地理种群么？如果是，下面同一种群的不同个体他们的O,1矩阵几乎是相同的吧？ 2.Number of loci 是总的PAGE条带数么？还是其他什么意思？ 3.locus name 是位点数（我的是9）还是所有条带数（我的为41）？ 4.数据中的每一行是啥意思？是不是就是同一地理种群的其中一个个体在所有位点上的0,1数据？就是这里我不知道咋整哦，比如我的数据 M35-1 M35-2 M35-3 M35-4 M35-5 M35-6（位点M35中出现的6条带） ES-1 0 1 1 1 0 1（ES、PS、FD、BJ、WS代表地理种群，1、2、3代表每个地理种群的不同个体） ES-2 0 1 1 1 0 1 ES-3 0 1 1 1 0 1 PS-1 1 0 0 1 0 0 PS-2 1 0 0 1 0 0 PS-3 1 0 0 1 0 0 FD-1 1 0 1 0 0 0 FD-2 1 0 1 0 0 0 FD-3 1 0 1 0 0 0 BJ-1 1 0 0 0 1 0 BJ-2 1 0 0 0 1 0 BJ-3 1 0 0 0 1 0 WS-1 0 1 0 1 1 1 WS-2 0 1 0 1 1 1 WS-3 0 1 0 1 1 1 这是其中一个位点，我应该怎么输入？请各位大虾帮忙，谢谢！ |
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2楼2015-04-20 22:39:30
Insecta_A
铜虫 (小有名气)
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