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xujingyuanxu铜虫 (正式写手)
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ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题 已有1人参与
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| 本人第一次做分子标记，从开始到现在已经一年了，最近两天准备用Popgene处理数据的时候才发现了很严重的问题，想请教一下：我在25个不同的地区采相同的植物来做分子标记，每次PCR的时候用一个引物对这25个地区的植物模板进行扩增，然后25个不同样品放在一块胶上跑，之后就是看胶，数条带（这里是要将这25个不同地区看成是25个population么？）。可是最近要参照文献要处理数据时才发现用POPGene算一些数据时每个population里不止一个sample。将我现在得到的胶图结合在一起，我发现自己好像是每个population里面只有一个sample，这样是不是就因为每个population中的sample太少而没法用Popgene来算一系列的参数了啊？是不是得把所有的样品每个个体都用筛选出的引物扩增跑胶啊？ 我是药学专业的，对标记以及相关参数代表什么意思是一点也不懂，做到现在快毕业了突然发现好像自己做错了，悔的都快吐血了，怨自己没看好文献！希望大神给指条明路看看接下来这数据该怎么处理！谢谢了！ |
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个人理解为：只要是同一个引物的loci，其数目在你所取样品中的loci数目都是一致的，也就是说若引物E在研究样品中共扩增出m条带，通过电泳发现有n条带处于不同的迁移位置上，那么该引物E所对应的样本的loci数就是n，没有的用0补充。。。如同一个样本的不同引物的n不同，则对应的loci数就不同，若相同，就一致啦！！如引物E、引物T和引物U的n分别为5、4、5，则在两个种群中的数据记录为： *Diploid ISSR Date Set*/ Number of populations = 2 Number of loci = 14 Locus name: E-1 E-2 E-3 E-4 E-5 T-1 T-2 T-3 T-4 U-1 U-2 U-3 U-4 U-5 name =population 1 11001 0011 10101 10010 1011 01101 name =population 2 11101 1101 01101 10110 1101 10010 不知道你看懂了没，有问题继续联系，大家共同学习 |
9楼2014-12-11 08:57:38
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| population的划分应研究而定，有的人以一个省的为一个种群，而有的人以一个市的为一个种群，这主要看你的研究目的了。。。一个种群只有一个样本，少了些，多做几个样本吧！！！如果没时间采样本了，就把25个样当做一个种群处理呗，这样用popgene就能计算出遗传参数了，不过只能计算单一种群的参数，像基因流、Gst、遗传距离等没法算了 |
2楼2014-09-02 21:48:00
xujingyuanxu
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