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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题
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xujingyuanxu

铜虫 (正式写手)

[求助] ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题已有1人参与

本人第一次做分子标记，从开始到现在已经一年了，最近两天准备用Popgene处理数据的时候才发现了很严重的问题，想请教一下：我在25个不同的地区采相同的植物来做分子标记，每次PCR的时候用一个引物对这25个地区的植物模板进行扩增，然后25个不同样品放在一块胶上跑，之后就是看胶，数条带（这里是要将这25个不同地区看成是25个population么？）。可是最近要参照文献要处理数据时才发现用POPGene算一些数据时每个population里不止一个sample。将我现在得到的胶图结合在一起，我发现自己好像是每个population里面只有一个sample，这样是不是就因为每个population中的sample太少而没法用Popgene来算一系列的参数了啊？是不是得把所有的样品每个个体都用筛选出的引物扩增跑胶啊？ 我是药学专业的，对标记以及相关参数代表什么意思是一点也不懂，做到现在快毕业了突然发现好像自己做错了，悔的都快吐血了，怨自己没看好文献！希望大神给指条明路看看接下来这数据该怎么处理！谢谢了！
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我努力，我坚持，我成功！
1楼2014-07-22 20:59:30
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皇猪

木虫 (正式写手)
个人理解为：只要是同一个引物的loci，其数目在你所取样品中的loci数目都是一致的，也就是说若引物E在研究样品中共扩增出m条带，通过电泳发现有n条带处于不同的迁移位置上，那么该引物E所对应的样本的loci数就是n，没有的用0补充。。。如同一个样本的不同引物的n不同，则对应的loci数就不同，若相同，就一致啦！！如引物E、引物T和引物U的n分别为5、4、5，则在两个种群中的数据记录为：
*Diploid ISSR Date Set*/
Number of populations = 2
Number of loci = 14
Locus name:
E-1 E-2 E-3 E-4 E-5
T-1 T-2 T-3 T-4
U-1 U-2 U-3 U-4 U-5

name =population 1
11001 0011 10101
10010 1011 01101
name =population 2
11101 1101 01101
10110 1101 10010

不知道你看懂了没，有问题继续联系，大家共同学习
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没有梦想，那跟咸鱼有什么分别
9楼2014-12-11 08:57:38
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皇猪

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xujingyuanxu: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-09-03 09:59:56
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-09-03 18:47:53
population的划分应研究而定，有的人以一个省的为一个种群，而有的人以一个市的为一个种群，这主要看你的研究目的了。。。一个种群只有一个样本，少了些，多做几个样本吧！！！如果没时间采样本了，就把25个样当做一个种群处理呗，这样用popgene就能计算出遗传参数了，不过只能计算单一种群的参数，像基因流、Gst、遗传距离等没法算了
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没有梦想，那跟咸鱼有什么分别
2楼2014-09-02 21:48:00
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xujingyuanxu

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-09-02 21:48:00
population的划分应研究而定，有的人以一个省的为一个种群，而有的人以一个市的为一个种群，这主要看你的研究目的了。。。一个种群只有一个样本，少了些，多做几个样本吧！！！如果没时间采样本了，就把25个样当做一 ...

谢谢帮助！
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我努力，我坚持，我成功！
3楼2014-09-03 10:00:19
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张-君

银虫 (初入文坛)
您好，我是新人，刚接触ISSR分子标记，PCR一直没条带，想请教一下您的反应体系和程序，多谢多谢！
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我思故我在
4楼2014-11-10 15:14:19
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lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-09-02 21:48:00
population的划分应研究而定，有的人以一个省的为一个种群，而有的人以一个市的为一个种群，这主要看你的研究目的了。。。一个种群只有一个样本，少了些，多做几个样本吧！！！如果没时间采样本了，就把25个样当做一 ...

大神您好。感觉您对popgene很是精通，所以想请教您一个问题。
我在多态性条带统计的时候，我每个样品用不止一对引物扩增，每对引物都能扩增出一些位点。已经都统计成0，1了。那么问题来了，在输入popgene数据文本的时候，每一行代表一个样品，那是每个样品不同引物扩增出的所有位点都输入在一行上么？不知道大神能不能理解我的意思。
谢谢大神。
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5楼2014-12-09 15:13:29
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皇猪

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lzbull at 2014-12-09 15:13:29
大神您好。感觉您对popgene很是精通，所以想请教您一个问题。
我在多态性条带统计的时候，我每个样品用不止一对引物扩增，每对引物都能扩增出一些位点。已经都统计成0，1了。那么问题来了，在输入popgene数据文本 ...

不是大神啦，也只是个初学者。。。你的意思我明白，每个样品不同引物扩增初的位点（也就是0、1数据）是输在同一行上，同一个引物的位点写在一起，不同引物间的位点需用一个空格符彼此隔开，如：
001110 01110 001101。
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没有梦想，那跟咸鱼有什么分别
6楼2014-12-10 13:00:13
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lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-12-10 13:00:13
不是大神啦，也只是个初学者。。。你的意思我明白，每个样品不同引物扩增初的位点（也就是0、1数据）是输在同一行上，同一个引物的位点写在一起，不同引物间的位点需用一个空格符彼此隔开，如：
001110 01110 001 ...

明白了，谢谢大神。
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7楼2014-12-11 07:38:54
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lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-12-10 13:00:13
不是大神啦，也只是个初学者。。。你的意思我明白，每个样品不同引物扩增初的位点（也就是0、1数据）是输在同一行上，同一个引物的位点写在一起，不同引物间的位点需用一个空格符彼此隔开，如：
001110 01110 001 ...

大神您好，我又遇到一个问题还想请教您。
我在统计条带的时候，不同样本，不用引物产生的条带数量是不同的，谁与谁之间条带数量需要一致（空缺需要补零）这个问题还是想问您一下。
种群内：同一引物不同样本；
             同一样本不同引物；
种群间：同一引物不同种群之间的样本；
这三种情况哪种需要条带数量保持一致，没有的地方补上零。
还望大神赐教。再次感谢大神。
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8楼2014-12-11 08:31:51
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ly1152913266

新虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-12-11 08:57:38
个人理解为：只要是同一个引物的loci，其数目在你所取样品中的loci数目都是一致的，也就是说若引物E在研究样品中共扩增出m条带，通过电泳发现有n条带处于不同的迁移位置上，那么该引物E所对应的样本的loci数就是n， ...

大神你好，我想请教一个问题！
我想算每个引物的Na、Ne等，但是用popgene出来的都是每个位点的。
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10楼2015-06-03 15:28:14
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