ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题 - 分子生物 - 综合其他

没有梦想，那跟咸鱼有什么分别

11楼2015-06-04 14:59:37

铃蓝苹果

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8楼: Originally posted by lzbull at 2014-12-11 08:31:51
大神您好，我又遇到一个问题还想请教您。
我在统计条带的时候，不同样本，不用引物产生的条带数量是不同的，谁与谁之间条带数量需要一致（空缺需要补零）这个问题还是想问您一下。
种群内：同一引物不同样本；
...

您好，请问这个问题您解决了吗？

12楼2015-06-09 00:43:51

lzbull

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12楼: Originally posted by 铃蓝苹果 at 2015-06-09 00:43:51
您好，请问这个问题您解决了吗？...

是同一引物所有样本的位点数要一致，没有的地方补0。

13楼2015-06-09 21:17:52

blowriver

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13楼: Originally posted by lzbull at 2015-06-09 21:17:52
是同一引物所有样本的位点数要一致，没有的地方补0。...

你好，想向您请教一个问题，不知道您的引物是自己筛选的还是参考文献里面筛选过的引物，如果直接自己筛选的话是100条每个的最适退火温度都不同怎么跑呢？每个引物都要跑梯度？按照Tm值跑还是直接用TD-pcr呢？TD感觉对特异性引物的效果很好，对ISSR这种非特异性引物的效果怎么样呢？

14楼2015-06-12 15:35:15

lzbull

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14楼: Originally posted by blowriver at 2015-06-12 15:35:15
你好，想向您请教一个问题，不知道您的引物是自己筛选的还是参考文献里面筛选过的引物，如果直接自己筛选的话是100条每个的最适退火温度都不同怎么跑呢？每个引物都要跑梯度？按照Tm值跑还是直接用TD-pcr呢？TD感觉 ...

不好意思，我做的不是ISSR。我只是之前在这个帖子里问了一个别的问题。您还是问一下楼主比较好。

15楼2015-06-12 15:39:05

173734022

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

16楼2016-03-24 16:45:43

潇湘妃子。

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楼主你好，最近也在做植物的 ISSR分子标记，看完你的描述，觉得跟你遇到了同样的问题，我也是从同一个省的不同市购买了18种样本，但是也没多想，就每个品种做了一个啊，然后提取这些样本的DNA后，用20种ISSR随机引物进行PCR，琼脂糖电泳跑胶后数条带，做成1，0的数据模式，我刚安装了POPgene 1.31软件，尝试着进行数据分析时也发现它里边的居群，样本，位点这些概念，不太理解所谓的一个居群里边多个样本sample具体是什么意思，
想问下你后来是怎么处理这些数据的呢？根据我目前的理解，我想到了3种模式：
（1）把这18个样本的位点信息（即0，1数据）按照每个样本写在一行（从上到下共18行），每一行将同种引物扩增的位点信息写在一起，不同引物之间用空格隔开（从左到右共20个）如下图的布局
引物1                      引物2    ………… 引物20
1号样本 00100000000000  00100110100010 0010010001010（共14个位点）
2号样本
3
……
16号样本
17号样本
18号样本
（2）统计同一样本分别在不同引物扩增时的位点数据：
1号样本：
引物1    00000010000010（14个位点的0,1数据）
引物2
引物3
……
引物20
再2号样本、3号样本以此类推
（3）统计在分别用20种引物扩增时18个不同样本的位点数据：
引物1：
1号样本    00000010000010（14个位点的0,1数据）
2号样本    00100000110000
……
18号样本 00001011000100
再引物3、引物4以此类推

刚开始学习这方面，知识也不完善，思路也有点理不清，实在不知到底这三种该朝哪个方向进行，，恳请答疑解惑，不胜感激

17楼2017-05-23 18:09:39