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皇猪

木虫 (正式写手)

内容已删除
没有梦想,那跟咸鱼有什么分别
11楼2015-06-04 14:59:37
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铃蓝苹果

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lzbull at 2014-12-11 08:31:51
大神您好,我又遇到一个问题还想请教您。
我在统计条带的时候,不同样本,不用引物产生的条带数量是不同的,谁与谁之间条带数量需要一致(空缺需要补零)这个问题还是想问您一下。
种群内:同一引物不同样本;
...

您好,请问这个问题您解决了吗?
12楼2015-06-09 00:43:51
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lzbull

木虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 铃蓝苹果 at 2015-06-09 00:43:51
您好,请问这个问题您解决了吗?...

是同一引物所有样本的位点数要一致,没有的地方补0。
13楼2015-06-09 21:17:52
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blowriver

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
13楼: Originally posted by lzbull at 2015-06-09 21:17:52
是同一引物所有样本的位点数要一致,没有的地方补0。...

你好,想向您请教一个问题,不知道您的引物是自己筛选的还是参考文献里面筛选过的引物,如果直接自己筛选的话是100条每个的最适退火温度都不同怎么跑呢?每个引物都要跑梯度?按照Tm值跑还是直接用TD-pcr呢?TD感觉对特异性引物的效果很好,对ISSR这种非特异性引物的效果怎么样呢?
14楼2015-06-12 15:35:15
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lzbull

木虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by blowriver at 2015-06-12 15:35:15
你好,想向您请教一个问题,不知道您的引物是自己筛选的还是参考文献里面筛选过的引物,如果直接自己筛选的话是100条每个的最适退火温度都不同怎么跑呢?每个引物都要跑梯度?按照Tm值跑还是直接用TD-pcr呢?TD感觉 ...

不好意思,我做的不是ISSR。我只是之前在这个帖子里问了一个别的问题。您还是问一下楼主比较好。
15楼2015-06-12 15:39:05
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173734022

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

16楼2016-03-24 16:45:43
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潇湘妃子。

铁虫 (小有名气)

楼主你好,最近也在做植物的 ISSR分子标记,看完你的描述,觉得跟你遇到了同样的问题,我也是从同一个省的不同市购买了18种样本,但是也没多想,就每个品种做了一个啊,然后提取这些样本的DNA后,用20种ISSR随机引物进行PCR,琼脂糖电泳跑胶后数条带,做成1,0的数据模式,我刚安装了POPgene 1.31软件,尝试着进行数据分析时也发现它里边的居群,样本,位点这些概念,不太理解所谓的一个居群里边多个样本sample具体是什么意思,
想问下你后来是怎么处理这些数据的呢?根据我目前的理解,我想到了3种模式:
(1)把这18个样本的位点信息(即0,1数据)按照每个样本写在一行(从上到下共18行),每一行将同种引物扩增的位点信息写在一起,不同引物之间用空格隔开(从左到右共20个)如下图的布局
引物1                         引物2      …………    引物20
1号样本 00100000000000  00100110100010    0010010001010(共14个位点)
2号样本
3
……
16号样本
17号样本
18号样本
(2)统计同一样本分别在不同引物扩增时的位点数据:
1号样本:
引物1      00000010000010(14个位点的0,1数据)
引物2
引物3
……
引物20
再2号样本、3号样本以此类推
(3)统计在分别用20种引物扩增时18个不同样本的位点数据:
引物1:
1号样本     00000010000010(14个位点的0,1数据)
2号样本     00100000110000
……
18号样本    00001011000100
再引物3、引物4以此类推

刚开始学习这方面,知识也不完善,思路也有点理不清,实在不知到底这三种该朝哪个方向进行,,恳请答疑解惑,不胜感激
17楼2017-05-23 18:09:39
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