应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题
61/1返回列表
查看: 2274  |  回复: 16
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xujingyuanxu

铜虫 (正式写手)

[求助] ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题 已有1人参与

本人第一次做分子标记，从开始到现在已经一年了，最近两天准备用Popgene处理数据的时候才发现了很严重的问题，想请教一下：我在25个不同的地区采相同的植物来做分子标记，每次PCR的时候用一个引物对这25个地区的植物模板进行扩增，然后25个不同样品放在一块胶上跑，之后就是看胶，数条带（这里是要将这25个不同地区看成是25个population么？）。可是最近要参照文献要处理数据时才发现用POPGene算一些数据时每个population里不止一个sample。将我现在得到的胶图结合在一起，我发现自己好像是每个population里面只有一个sample，这样是不是就因为每个population中的sample太少而没法用Popgene来算一系列的参数了啊？是不是得把所有的样品每个个体都用筛选出的引物扩增跑胶啊？ 我是药学专业的，对标记以及相关参数代表什么意思是一点也不懂，做到现在快毕业了突然发现好像自己做错了，悔的都快吐血了，怨自己没看好文献！希望大神给指条明路看看接下来这数据该怎么处理！谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
我努力，我坚持，我成功！
1楼 2014-07-22 20:59:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-09-02 21:48:00
population的划分应研究而定，有的人以一个省的为一个种群，而有的人以一个市的为一个种群，这主要看你的研究目的了。。。一个种群只有一个样本，少了些，多做几个样本吧！！！如果没时间采样本了，就把25个样当做一 ...

大神您好。感觉您对popgene很是精通，所以想请教您一个问题。
我在多态性条带统计的时候，我每个样品用不止一对引物扩增，每对引物都能扩增出一些位点。已经都统计成0，1了。那么问题来了，在输入popgene数据文本的时候，每一行代表一个样品，那是每个样品不同引物扩增出的所有位点都输入在一行上么？不知道大神能不能理解我的意思。
谢谢大神。
赞一下 回复此楼
5楼2014-12-09 15:13:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-12-10 13:00:13
不是大神啦，也只是个初学者。。。你的意思我明白，每个样品不同引物扩增初的位点（也就是0、1数据）是输在同一行上，同一个引物的位点写在一起，不同引物间的位点需用一个空格符彼此隔开，如：
001110 01110 001 ...

明白了，谢谢大神。
回复此楼
7楼2014-12-11 07:38:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 皇猪 at 2014-12-10 13:00:13
不是大神啦，也只是个初学者。。。你的意思我明白，每个样品不同引物扩增初的位点（也就是0、1数据）是输在同一行上，同一个引物的位点写在一起，不同引物间的位点需用一个空格符彼此隔开，如：
001110 01110 001 ...

大神您好，我又遇到一个问题还想请教您。
我在统计条带的时候，不同样本，不用引物产生的条带数量是不同的，谁与谁之间条带数量需要一致（空缺需要补零）这个问题还是想问您一下。
种群内：同一引物不同样本；
             同一样本不同引物；
种群间：同一引物不同种群之间的样本；
这三种情况哪种需要条带数量保持一致，没有的地方补上零。
还望大神赐教。再次感谢大神。
赞一下 回复此楼
8楼2014-12-11 08:31:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 铃蓝苹果 at 2015-06-09 00:43:51
您好，请问这个问题您解决了吗？...

是同一引物所有样本的位点数要一致，没有的地方补0。
赞一下 回复此楼
13楼2015-06-09 21:17:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by blowriver at 2015-06-12 15:35:15
你好，想向您请教一个问题，不知道您的引物是自己筛选的还是参考文献里面筛选过的引物，如果直接自己筛选的话是100条每个的最适退火温度都不同怎么跑呢？每个引物都要跑梯度？按照Tm值跑还是直接用TD-pcr呢？TD感觉 ...

不好意思，我做的不是ISSR。我只是之前在这个帖子里问了一个别的问题。您还是问一下楼主比较好。
赞一下 回复此楼
15楼2015-06-12 15:39:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xujingyuanxu 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭