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xujingyuanxu铜虫 (正式写手)
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ISSR分子标记中用Popgene计算相关参数时样本量的问题已有1人参与
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| 本人第一次做分子标记，从开始到现在已经一年了，最近两天准备用Popgene处理数据的时候才发现了很严重的问题，想请教一下：我在25个不同的地区采相同的植物来做分子标记，每次PCR的时候用一个引物对这25个地区的植物模板进行扩增，然后25个不同样品放在一块胶上跑，之后就是看胶，数条带（这里是要将这25个不同地区看成是25个population么？）。可是最近要参照文献要处理数据时才发现用POPGene算一些数据时每个population里不止一个sample。将我现在得到的胶图结合在一起，我发现自己好像是每个population里面只有一个sample，这样是不是就因为每个population中的sample太少而没法用Popgene来算一系列的参数了啊？是不是得把所有的样品每个个体都用筛选出的引物扩增跑胶啊？ 我是药学专业的，对标记以及相关参数代表什么意思是一点也不懂，做到现在快毕业了突然发现好像自己做错了，悔的都快吐血了，怨自己没看好文献！希望大神给指条明路看看接下来这数据该怎么处理！谢谢了！ |
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楼主你好，最近也在做植物的 ISSR分子标记，看完你的描述，觉得跟你遇到了同样的问题，我也是从同一个省的不同市购买了18种样本，但是也没多想，就每个品种做了一个啊，然后提取这些样本的DNA后，用20种ISSR随机引物进行PCR，琼脂糖电泳跑胶后数条带，做成1，0的数据模式，我刚安装了POPgene 1.31软件，尝试着进行数据分析时也发现它里边的居群，样本，位点这些概念，不太理解所谓的一个居群里边多个样本sample具体是什么意思， 想问下你后来是怎么处理这些数据的呢？根据我目前的理解，我想到了3种模式： （1）把这18个样本的位点信息（即0，1数据）按照每个样本写在一行（从上到下共18行），每一行将同种引物扩增的位点信息写在一起，不同引物之间用空格隔开（从左到右共20个）如下图的布局 引物1 引物2 ………… 引物20 1号样本 00100000000000 00100110100010 0010010001010（共14个位点） 2号样本 3 …… 16号样本 17号样本 18号样本 （2）统计同一样本分别在不同引物扩增时的位点数据： 1号样本： 引物1 00000010000010（14个位点的0,1数据） 引物2 引物3 …… 引物20 再2号样本、3号样本以此类推 （3）统计在分别用20种引物扩增时18个不同样本的位点数据： 引物1： 1号样本 00000010000010（14个位点的0,1数据） 2号样本 00100000110000 …… 18号样本 00001011000100 再引物3、引物4以此类推 刚开始学习这方面，知识也不完善，思路也有点理不清，实在不知到底这三种该朝哪个方向进行，，恳请答疑解惑，不胜感激  |
17楼2017-05-23 18:09:39
皇猪
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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xujingyuanxu: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-09-03 09:59:56
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-09-03 18:47:53
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| population的划分应研究而定，有的人以一个省的为一个种群，而有的人以一个市的为一个种群，这主要看你的研究目的了。。。一个种群只有一个样本，少了些，多做几个样本吧！！！如果没时间采样本了，就把25个样当做一个种群处理呗，这样用popgene就能计算出遗传参数了，不过只能计算单一种群的参数，像基因流、Gst、遗传距离等没法算了 |
2楼2014-09-02 21:48:00
xujingyuanxu
铜虫 (正式写手)
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