应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
171/2返回列表12下一页
查看: 2755  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lzbull

木虫 (小有名气)

[求助] 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题

小弟最近在用PopGene处理数据，但是有一事一直不太明白，看了些文献依旧不是很懂，忘高手不吝赐教啊。

背景：SRAP种群遗传多样性分析。一共是12个种群，每个种群8到12个样品。一共用了11对引物。
————————————我是多态性分割线————————————————

我看了一下PopGene的帮助文件，它里面的数据格式是这个样子的。
/* Diploid alphabetic data of 3 populations each with varying records (genotypes) & 5 loci */
Number of populations = 2
Number of loci =28
Locus name :
OPA01-1 OPA01-2 OPA01-3 OPA01-4 OPA01-5 OPA03-1 OPA03-2 OPA03-3 OPA03-4 OPA03-5 OPA03-6 OPA04-1 OPA04-2 OPA04-3 OPA04-4 OPA04-5 OPA04-6 OPA04-7 OPA07-1 OPA07-2 OPA07-3 OPA07-4 OPA07-5 OPA07-6 OPA11-1 OPA11-2 OPA11-3 OPA11-4
name = Slave Lake

fis = -0.238

11101 100100 0111010 001000 1001
10110 100100 0011010 001000 0001
11100 100100 0011010 001000 0001
11111 100100 0011010 001010 0001
10110 101100 0011010 001010 1101


我这个地方就不懂了。
我这12对引物，12个居群，每个居群10个左右样品时如何组织到这个文件里面的。就是我现在懂了文件的数据格式，但是不知道这个数据结构。
小弟嘴拙，不知道表达清楚没有。
望前辈指教。

PS：还想问一下这个 fis 是什么东西，不考虑它行么？

[ Last edited by lzbull on 2013-10-29 at 16:11 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-29 16:09:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dplfly at 2013-11-30 22:00:43
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误

数据输入格式就是横向一行是一个样品，然后这一个样品不同的引物都是写在这一行，排着写就行。纵向是不同的样品。这样组成一个矩阵。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-12-01 19:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
有没有高人指点一下。
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-29 20:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dplfly

金虫 (正式写手)
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-30 22:00:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梅子清酒

木虫 (初入文坛)
想问楼主这个软件哪里有的下？我最近在也要用，但一直找不到
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-29 09:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
6楼2014-05-29 17:57:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梅子清酒

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

您真是太好了，用到不会的还来请教O(∩_∩)O~
赞一下 回复此楼
7楼2014-05-31 16:28:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2009355147

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

你好，我现在做这个的时候一直提示这个，我想问一下是什么原因，真的谢谢了，能不能给个QQ的联系方式，真的很着急，谢谢了
求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
QQ图片20150202142104.png
赞一下 回复此楼
8楼2015-02-02 15:04:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2009355147

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

还有个问题就是，我的每个地方的样品数的个数不太一样，我想问一下：这样处理问题的话是要注意哪些？是这样我处理数据的时候老是出问题吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

该学习了你
9楼2015-02-02 15:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 2009355147 at 2015-02-02 15:07:52
还有个问题就是，我的每个地方的样品数的个数不太一样，我想问一下：这样处理问题的话是要注意哪些？是这样我处理数据的时候老是出问题吗？...

不好意思，这个我也不太清楚。我做的时候每个种群样品个数都是一样的。但是我看文献也有种群之间个数是不一样的。你可以试一下。
赞一下 回复此楼
10楼2015-02-02 22:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lzbull 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 19/950 2026-08-01 15:18 by 40862026
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 8/400 2026-08-01 13:53 by y4XuShGyllvT
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +16 1234567wang 2026-07-25 20/1000 2026-08-01 08:57 by type2type
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭