应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
51/1返回列表
查看: 2425  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lzbull

木虫 (小有名气)

[求助] 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题

小弟最近在用PopGene处理数据，但是有一事一直不太明白，看了些文献依旧不是很懂，忘高手不吝赐教啊。

背景：SRAP种群遗传多样性分析。一共是12个种群，每个种群8到12个样品。一共用了11对引物。
————————————我是多态性分割线————————————————

我看了一下PopGene的帮助文件，它里面的数据格式是这个样子的。
/* Diploid alphabetic data of 3 populations each with varying records (genotypes) & 5 loci */
Number of populations = 2
Number of loci =28
Locus name :
OPA01-1 OPA01-2 OPA01-3 OPA01-4 OPA01-5 OPA03-1 OPA03-2 OPA03-3 OPA03-4 OPA03-5 OPA03-6 OPA04-1 OPA04-2 OPA04-3 OPA04-4 OPA04-5 OPA04-6 OPA04-7 OPA07-1 OPA07-2 OPA07-3 OPA07-4 OPA07-5 OPA07-6 OPA11-1 OPA11-2 OPA11-3 OPA11-4
name = Slave Lake

fis = -0.238

11101 100100 0111010 001000 1001
10110 100100 0011010 001000 0001
11100 100100 0011010 001000 0001
11111 100100 0011010 001010 0001
10110 101100 0011010 001010 1101


我这个地方就不懂了。
我这12对引物，12个居群，每个居群10个左右样品时如何组织到这个文件里面的。就是我现在懂了文件的数据格式，但是不知道这个数据结构。
小弟嘴拙，不知道表达清楚没有。
望前辈指教。

PS：还想问一下这个 fis 是什么东西，不考虑它行么？

[ Last edited by lzbull on 2013-10-29 at 16:11 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-29 16:09:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dplfly at 2013-11-30 22:00:43
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误

数据输入格式就是横向一行是一个样品，然后这一个样品不同的引物都是写在这一行，排着写就行。纵向是不同的样品。这样组成一个矩阵。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-12-01 19:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

lzbull

木虫 (小有名气)
有没有高人指点一下。
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-29 20:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dplfly

金虫 (正式写手)
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-30 22:00:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梅子清酒

木虫 (初入文坛)
想问楼主这个软件哪里有的下？我最近在也要用，但一直找不到
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-29 09:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工 +4 安全上岸！ 2026-03-16 4/200 2026-03-17 14:02 by 勇敢太监王公公
[考研] 293求调剂 +6 zjl的号 2026-03-16 10/500 2026-03-17 13:45 by houyaoxu
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +3 share_joy 2026-03-16 3/150 2026-03-17 13:41 by houyaoxu
[考研] 332求调剂 +5 Zz版 2026-03-13 5/250 2026-03-17 11:01 by JineShine
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +6 SUICHILD 2026-03-12 6/300 2026-03-17 09:24 by 雾散后相遇lc
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[文学芳草园] 伙伴们，祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 材料与化工求调剂 +3 为学666 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:09 by 加号+
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-16 3/150 2026-03-16 10:07 by 求调剂zz
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭