应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
171/2返回列表12下一页
查看: 2465  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lzbull

木虫 (小有名气)

[求助] 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题

小弟最近在用PopGene处理数据，但是有一事一直不太明白，看了些文献依旧不是很懂，忘高手不吝赐教啊。

背景：SRAP种群遗传多样性分析。一共是12个种群，每个种群8到12个样品。一共用了11对引物。
————————————我是多态性分割线————————————————

我看了一下PopGene的帮助文件，它里面的数据格式是这个样子的。
/* Diploid alphabetic data of 3 populations each with varying records (genotypes) & 5 loci */
Number of populations = 2
Number of loci =28
Locus name :
OPA01-1 OPA01-2 OPA01-3 OPA01-4 OPA01-5 OPA03-1 OPA03-2 OPA03-3 OPA03-4 OPA03-5 OPA03-6 OPA04-1 OPA04-2 OPA04-3 OPA04-4 OPA04-5 OPA04-6 OPA04-7 OPA07-1 OPA07-2 OPA07-3 OPA07-4 OPA07-5 OPA07-6 OPA11-1 OPA11-2 OPA11-3 OPA11-4
name = Slave Lake

fis = -0.238

11101 100100 0111010 001000 1001
10110 100100 0011010 001000 0001
11100 100100 0011010 001000 0001
11111 100100 0011010 001010 0001
10110 101100 0011010 001010 1101


我这个地方就不懂了。
我这12对引物，12个居群，每个居群10个左右样品时如何组织到这个文件里面的。就是我现在懂了文件的数据格式，但是不知道这个数据结构。
小弟嘴拙，不知道表达清楚没有。
望前辈指教。

PS：还想问一下这个 fis 是什么东西，不考虑它行么？

[ Last edited by lzbull on 2013-10-29 at 16:11 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-29 16:09:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dplfly at 2013-11-30 22:00:43
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误

数据输入格式就是横向一行是一个样品，然后这一个样品不同的引物都是写在这一行，排着写就行。纵向是不同的样品。这样组成一个矩阵。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-12-01 19:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
有没有高人指点一下。
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-29 20:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dplfly

金虫 (正式写手)
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-30 22:00:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梅子清酒

木虫 (初入文坛)
想问楼主这个软件哪里有的下？我最近在也要用，但一直找不到
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-29 09:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
6楼2014-05-29 17:57:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梅子清酒

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

您真是太好了，用到不会的还来请教O(∩_∩)O~
赞一下 回复此楼
7楼2014-05-31 16:28:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2009355147

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

你好，我现在做这个的时候一直提示这个，我想问一下是什么原因，真的谢谢了，能不能给个QQ的联系方式，真的很着急，谢谢了
求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
QQ图片20150202142104.png
赞一下 回复此楼
8楼2015-02-02 15:04:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2009355147

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

还有个问题就是，我的每个地方的样品数的个数不太一样，我想问一下：这样处理问题的话是要注意哪些？是这样我处理数据的时候老是出问题吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

该学习了你
9楼2015-02-02 15:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 2009355147 at 2015-02-02 15:07:52
还有个问题就是，我的每个地方的样品数的个数不太一样，我想问一下：这样处理问题的话是要注意哪些？是这样我处理数据的时候老是出问题吗？...

不好意思，这个我也不太清楚。我做的时候每个种群样品个数都是一样的。但是我看文献也有种群之间个数是不一样的。你可以试一下。
赞一下 回复此楼
10楼2015-02-02 22:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lzbull 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 342求调剂 +4 加油a李zs 2026-03-26 4/200 2026-03-30 16:39 by 晶体之美
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +8 Youth_ 2026-03-30 8/400 2026-03-30 16:30 by ztnimte
[考研] 0703化学 +14 妮妮ninicgb 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:46 by fangnagu
[考研] 283求调剂（080500） +14 A child 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:06 by 探123
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 275求调剂 +15 Micky11223 2026-03-25 20/1000 2026-03-29 20:44 by 唐沐儿
[考研] 329求调剂 +10 钮恩雪 2026-03-25 10/500 2026-03-29 13:32 by peike
[考研] 药学105500求调剂 +3 Ssun。。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 11:24 by lxf170613
[考研] 0856，材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +8 曼111 2026-03-24 9/450 2026-03-28 07:58 by YYYYX1234
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 281求调剂 +6 Koxui 2026-03-24 7/350 2026-03-26 15:37 by 无际的草原
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭