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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
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lzbull

木虫 (小有名气)

[求助] 求问PopGene软件数据文件内数据排列问题

小弟最近在用PopGene处理数据，但是有一事一直不太明白，看了些文献依旧不是很懂，忘高手不吝赐教啊。

背景：SRAP种群遗传多样性分析。一共是12个种群，每个种群8到12个样品。一共用了11对引物。
————————————我是多态性分割线————————————————

我看了一下PopGene的帮助文件，它里面的数据格式是这个样子的。
/* Diploid alphabetic data of 3 populations each with varying records (genotypes) & 5 loci */
Number of populations = 2
Number of loci =28
Locus name :
OPA01-1 OPA01-2 OPA01-3 OPA01-4 OPA01-5 OPA03-1 OPA03-2 OPA03-3 OPA03-4 OPA03-5 OPA03-6 OPA04-1 OPA04-2 OPA04-3 OPA04-4 OPA04-5 OPA04-6 OPA04-7 OPA07-1 OPA07-2 OPA07-3 OPA07-4 OPA07-5 OPA07-6 OPA11-1 OPA11-2 OPA11-3 OPA11-4
name = Slave Lake

fis = -0.238

11101 100100 0111010 001000 1001
10110 100100 0011010 001000 0001
11100 100100 0011010 001000 0001
11111 100100 0011010 001010 0001
10110 101100 0011010 001010 1101


我这个地方就不懂了。
我这12对引物，12个居群，每个居群10个左右样品时如何组织到这个文件里面的。就是我现在懂了文件的数据格式，但是不知道这个数据结构。
小弟嘴拙，不知道表达清楚没有。
望前辈指教。

PS：还想问一下这个 fis 是什么东西，不考虑它行么？

[ Last edited by lzbull on 2013-10-29 at 16:11 ]
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1楼 2013-10-29 16:09:55
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lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dplfly at 2013-11-30 22:00:43
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误

数据输入格式就是横向一行是一个样品，然后这一个样品不同的引物都是写在这一行，排着写就行。纵向是不同的样品。这样组成一个矩阵。
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4楼2013-12-01 19:13:33
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普通回帖

lzbull

木虫 (小有名气)
有没有高人指点一下。
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2楼2013-10-29 20:45:29
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dplfly

金虫 (正式写手)
最近也在用这个软件，头痛啊，不懂哪里出问题了，一直提示错误
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3楼2013-11-30 22:00:43
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梅子清酒

木虫 (初入文坛)
想问楼主这个软件哪里有的下？我最近在也要用，但一直找不到
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5楼2014-05-29 09:50:22
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lzbull

木虫 (小有名气)
内容已删除
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6楼2014-05-29 17:57:20
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梅子清酒

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

您真是太好了，用到不会的还来请教O(∩_∩)O~
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7楼2014-05-31 16:28:23
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2009355147

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

你好，我现在做这个的时候一直提示这个，我想问一下是什么原因，真的谢谢了，能不能给个QQ的联系方式，真的很着急，谢谢了
求问PopGene软件数据文件内数据排列问题
QQ图片20150202142104.png
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8楼2015-02-02 15:04:42
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2009355147

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lzbull at 2014-05-29 17:57:20
http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html...

还有个问题就是，我的每个地方的样品数的个数不太一样，我想问一下：这样处理问题的话是要注意哪些？是这样我处理数据的时候老是出问题吗？
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该学习了你
9楼2015-02-02 15:07:52
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lzbull

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 2009355147 at 2015-02-02 15:07:52
还有个问题就是，我的每个地方的样品数的个数不太一样，我想问一下：这样处理问题的话是要注意哪些？是这样我处理数据的时候老是出问题吗？...

不好意思，这个我也不太清楚。我做的时候每个种群样品个数都是一样的。但是我看文献也有种群之间个数是不一样的。你可以试一下。
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10楼2015-02-02 22:52:14
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