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baiyangnjau

木虫 (正式写手)

[求助] 亚细胞定位前后不一致,请帮忙分析原因,具体问题如下,谢谢! 已有3人参与

半年前构建了目的蛋白-GFP的融合蛋白(GFP在C端,做亚细胞定位,我是做植物的,用的是烟草瞬时表达,一直做的结果是线粒体定位,已经下了结论认为是线粒体定位,最近又顺带看了一下,结果麻烦大了,显示的是膜定位,做了好几次都这样,重新提质粒重新转农杆菌烟草表达还是膜定位,又把GFP连到我的蛋白的N端,也是这样,怎么办啊?感觉要疯了,请各位多多提出自己的看法,非常感谢!
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

你最新几次做,线粒体中有信号吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
2楼2015-04-18 14:12:55
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baiyangnjau

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by starseacow at 2015-04-18 14:12:55
你最新几次做,线粒体中有信号吗?

没有了,所以问题很严重,有点不知所措,请问有什么建议吗?
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3楼2015-04-19 20:36:18
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
baiyangnjau: 金币+100, 谢谢您的帮忙! 2015-04-20 12:59:39
首先,检查你用的农杆菌,看看有没可能被污染了。其次,膜信号很可能是自发荧光,现在你的融合蛋白很可能没有很好地表达,有条件最好做WB验证一下表达,另外也可能需要考虑重新准备一批农杆菌。再次,你做定位有没用合适的marker,最好把marker共转进去作对照。
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4楼2015-04-19 22:39:13
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anquren

金虫 (正式写手)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, thanks for posting, but there is no leading hint to the question 2015-04-21 05:33:36
二者的阴性对照结果如何?
5楼2015-04-20 08:21:48
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baiyangnjau

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by starseacow at 2015-04-19 22:39:13
首先,检查你用的农杆菌,看看有没可能被污染了。其次,膜信号很可能是自发荧光,现在你的融合蛋白很可能没有很好地表达,有条件最好做WB验证一下表达,另外也可能需要考虑重新准备一批农杆菌。再次,你做定位有没用 ...

我提了农杆菌的质粒测序,没有问题,做的就是共定位,用的是线粒体定位的蛋白作为阳性对照;要说我的融合蛋白没有很好地表达,我做了好几次了,这个可能性是有,但是挺低的;我烟草表达蛋白,提取了线粒体,做了western blot,能够抗出来,但是亚细胞定位突然出现这个情况,让我不知该怎么面对这个个问题,没法忽视这个问题啊?
努力成为自己想成为的人吧!
6楼2015-04-20 12:59:17
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baiyangnjau

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by anquren at 2015-04-20 08:21:48
二者的阴性对照结果如何?

我做的是共定位,相同的菌在烟草表达,出现了前后不一致的结果,共定位的阳性对照没有问题,阴性对照的话,就是空载,也没问题
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7楼2015-04-20 13:01:45
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by baiyangnjau at 2015-04-20 12:59:17
我提了农杆菌的质粒测序,没有问题,做的就是共定位,用的是线粒体定位的蛋白作为阳性对照;要说我的融合蛋白没有很好地表达,我做了好几次了,这个可能性是有,但是挺低的;我烟草表达蛋白,提取了线粒体,做了we ...

先别急,我倾向于认为是自发荧光太强,你的蛋白表达偏弱,WB有时候过于灵敏。如果之前能确定线粒体定位,那这个新结果说不通。最好从农杆菌开始做个重复。
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8楼2015-04-20 16:17:56
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

另外,线粒体蛋白也存在可能表达在细胞质内。我对这块不熟悉,但感觉可能有这几个方面可以考虑,第一,你做的蛋白是否为细胞质合成再转入线粒体,那就可以解释为什么细胞质中可以看到,对于这个情况,我感觉是否改变农杆菌侵染后观察时间,给蛋白足够时间运到线粒体内。其次,有些线粒体膜蛋白好像有转运识别肽段,可以让这些蛋白进出线粒体,不知道有没有做相关分析的网站,你可以查查看。再次,线粒体基质蛋白不一定只在线粒体基质中表达,它们也可以在线粒体外表达,可能有什么机制影响这个。

另外做个广告,有兴趣欢迎加入我办的植物生理群
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9楼2015-04-20 16:34:28
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baiyangnjau

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by starseacow at 2015-04-20 16:34:28
另外,线粒体蛋白也存在可能表达在细胞质内。我对这块不熟悉,但感觉可能有这几个方面可以考虑,第一,你做的蛋白是否为细胞质合成再转入线粒体,那就可以解释为什么细胞质中可以看到,对于这个情况,我感觉是否改变 ...

非常感谢您的建议,编码我的蛋白的基因不属于线粒体基因组,应该不是在线粒体合成的蛋白;我做过一些生物信息学分析,好几个网站分析的结果不一致,后来就没管这些结果;前后操作,表达时间基本一致,所以侵染后观察时间是否有影响不好说。总之,非常感谢您的建议!
努力成为自己想成为的人吧!
10楼2015-04-20 21:56:17
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