| 查看: 2538 | 回复: 5 | |||
螺旋藻木虫 (正式写手)
|
[求助]
想做分子对接，有关配体能量最小化的问题。请前辈指点，谢谢！ 已有2人参与
|
|
我的操作是： 找各种文献，确认公认正确结构式， 先chemdraw 2D，然后chembio3D, Rectify, Cleanup, MM2, Guassian，最后在autodock。不知妥否？ 问题： （1） 2D画好的*.cdx ，check structure，clean up structure， 进行最原始的优化， 好像每做一次 clean up structure，都有些变化， 不会最终固定在一个形式上， 请问做一次 clean up structure 与多做几次有区别吗？ （2） MM2，Guassian能量最小化时都用的默认，妥否？ （3）autodock 结果每次不大一致，听网上建议 将GA RunS 次数由10 改为100， 要好一些。 算下来的配体与酶结合能同报道的LD50趋势有，但很不明显。 比如半致死一种 100，一种800， 而 算下来结果一个是-6.5， 一个是 -5.0 ， 请大神不吝赐教。 干不下去了  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 autodock |
» 猜你喜欢
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有5人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有13人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有3人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有5人回复
-
溴的反应液脱色
已经有7人回复
-
推荐一本书
已经有12人回复
-
基金申报
已经有4人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有7人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何用schrodinger薛定谔软件做配体和受体之间的共价对接？
已经有9人回复
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 请问如何获取小分子的pdb文件
已经有13人回复
- 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
已经有9人回复
- 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
已经有14人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 同源模建，模板如何选择
已经有3人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】sybyl对接请教
已经有12人回复
- 【求助】环糊精包合物的分子模拟
已经有29人回复
2楼2015-04-13 09:00:04
fan728516414
银虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 466.3
- 散金: 20
- 红花: 20
- 帖子: 221
- 在线: 53.3小时
- 虫号: 3101326
- 注册: 2014-03-30
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+5, ★有帮助, 非常感谢！ 2015-04-15 23:03:01
螺旋藻: 金币+21 2015-04-15 23:14:19
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+5, ★有帮助, 非常感谢！ 2015-04-15 23:03:01
螺旋藻: 金币+21 2015-04-15 23:14:19
| autodock只是一种辅助，参考。结构优化，那么做应该可以了。还有你这两种化合物的对照的配体是什么，就是建立的对接模型。比如已经被确定很好疗效的化合物的对接结果作参考。还有你的两种化合物的作用靶点确定是一样的，不能拿两个不同靶点药物做对比。好比我做的HIV整合酶抑制剂和逆转录酶抑制剂。不防把你的盒子的大小设大点看看。我也是初学者，楼上的那个是大神，但人家是要赚钱的，所以回答问题很笼统，好多帖子都是了，告诉你问题就是不告诉你怎么解决。我们可以交流啊。 |
3楼2015-04-14 15:21:40
4楼2015-06-14 22:17:13
5楼2015-06-15 14:53:07
6楼2015-06-30 21:37:06