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螺旋藻木虫 (正式写手)
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[求助]
想做分子对接，有关配体能量最小化的问题。请前辈指点，谢谢！ 已有2人参与
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我的操作是： 找各种文献，确认公认正确结构式， 先chemdraw 2D，然后chembio3D, Rectify, Cleanup, MM2, Guassian，最后在autodock。不知妥否？ 问题： （1） 2D画好的*.cdx ，check structure，clean up structure， 进行最原始的优化， 好像每做一次 clean up structure，都有些变化， 不会最终固定在一个形式上， 请问做一次 clean up structure 与多做几次有区别吗？ （2） MM2，Guassian能量最小化时都用的默认，妥否？ （3）autodock 结果每次不大一致，听网上建议 将GA RunS 次数由10 改为100， 要好一些。 算下来的配体与酶结合能同报道的LD50趋势有，但很不明显。 比如半致死一种 100，一种800， 而 算下来结果一个是-6.5， 一个是 -5.0 ， 请大神不吝赐教。 干不下去了  |
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 autodock |
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2楼2015-04-13 09:00:04
fan728516414
银虫 (小有名气)
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螺旋藻: 金币+5, ★有帮助, 非常感谢！ 2015-04-15 23:03:01
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螺旋藻: 金币+21 2015-04-15 23:14:19
| autodock只是一种辅助，参考。结构优化，那么做应该可以了。还有你这两种化合物的对照的配体是什么，就是建立的对接模型。比如已经被确定很好疗效的化合物的对接结果作参考。还有你的两种化合物的作用靶点确定是一样的，不能拿两个不同靶点药物做对比。好比我做的HIV整合酶抑制剂和逆转录酶抑制剂。不防把你的盒子的大小设大点看看。我也是初学者，楼上的那个是大神，但人家是要赚钱的，所以回答问题很笼统，好多帖子都是了，告诉你问题就是不告诉你怎么解决。我们可以交流啊。 |
3楼2015-04-14 15:21:40
4楼2015-06-14 22:17:13
5楼2015-06-15 14:53:07
6楼2015-06-30 21:37:06
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