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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何用schrodinger薛定谔软件做配体和受体之间的共价对接？
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 如何用schrodinger薛定谔软件做配体和受体之间的共价对接？ 已有2人参与

各位仁兄和版主，我这几天在学schrodinger软件，看了其中的Covalent Docking手册，还是没有太多头绪，
想问一下用这个软件做共价键的对接的程序或者流程具体是怎么操作的，最好能详细说一下每步操作的目的
以及需要注意的地方，谢谢，也希望和大家多多交流
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1楼 2014-11-06 17:49:49
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Dreamalpen

银虫 (小有名气)
顶一下，我也想了解了解
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2010年10月13日，美国费城，一名男子在晨曦中前行
2楼2014-11-07 09:22:07
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Dreamalpen at 2014-11-07 09:22:07
顶一下，我也想了解了解

我看了之后好像是这样的：
1.配体准备：加氢，去盐，异构体识别
2.受体准备：加氢，去水，补残基
前二步是使配体和受体处于最优构象
3.定义格点文件：限制对接的位置
4.进行GLIDE对接，使配体能够与受体很好的接合
5.定义受体中能够产生共价作用的位置的格点文件
6.进行Covalent docking 得出结果
7.对结果进行分析
想问下仁兄是怎么理解的
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3楼2014-11-07 09:42:35
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Dreamalpen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 秋叶城破 at 2014-11-07 09:42:35
我看了之后好像是这样的：
1.配体准备：加氢，去盐，异构体识别
2.受体准备：加氢，去水，补残基
前二步是使配体和受体处于最优构象
3.定义格点文件：限制对接的位置
4.进行GLIDE对接，使配体能够与受体很好的 ...

我的理解是先进行普通的分子对接，之后再进行共价对接。
共价对接的前提是分子对接效果比较好？
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2010年10月13日，美国费城，一名男子在晨曦中前行
4楼2014-11-07 10:09:19
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Dreamalpen at 2014-11-07 10:09:19
我的理解是先进行普通的分子对接，之后再进行共价对接。
共价对接的前提是分子对接效果比较好？...

恩，教程上面说先进行普通对接
Dock the ligands into noncovalently bound poses that are suitable for covalent bond formation.
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5楼2014-11-07 11:46:36
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bobbycn

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
秋叶城破: 金币+5, ★有帮助, 恩，细节上要确定，每次对接考虑的情况不一样 2014-11-10 10:14:50
其实说白了就是先把两分子靠近，再连起来。

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2014-11-10 01:51:05
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worgjin

木虫 (小有名气)
你用的是哪个版本？2011版用起来非常简单，定义配体连接的，再定义受体上离去的原子，运行即可。后来的版本比较麻烦的地方就是先要去选反应类型，它里面默认的那些反应很多时候不能满足我要求，需要去技术支持去联系。
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7楼2014-11-11 21:26:57
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by worgjin at 2014-11-11 21:26:57
你用的是哪个版本？2011版用起来非常简单，定义配体连接的，再定义受体上离去的原子，运行即可。后来的版本比较麻烦的地方就是先要去选反应类型，它里面默认的那些反应很多时候不能满足我要求，需要去技术支持去联系 ...

我用的是9.9版本，一般只需要迈克尔反应就好
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8楼2014-11-11 21:52:06
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worgjin

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
秋叶城破: 金币+20, ★★★很有帮助, 很好，很直观 2014-11-12 09:07:17
引用回帖:
8楼: Originally posted by 秋叶城破 at 2014-11-11 21:52:06
我用的是9.9版本，一般只需要迈克尔反应就好...

版本很新啊，呵呵。那你选择迈克尔反应就可以，再在edit里面找到你反应的原子位置，这样就确定了配体。受体直接选就可以了，很容易。给你附张图应该就可以看懂了。
如何用schrodinger薛定谔软件做配体和受体之间的共价对接？
无标题.png
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9楼2014-11-11 23:17:28
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大宋的孩儿

新虫 (小有名气)
你好，请问去哪里看教程啊
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10楼2021-09-10 12:34:14
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