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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 如何用schrodinger薛定谔软件做配体和受体之间的共价对接?已有2人参与

各位仁兄和版主,我这几天在学schrodinger软件,看了其中的Covalent Docking手册,还是没有太多头绪,
想问一下用这个软件做共价键的对接的程序或者流程具体是怎么操作的,最好能详细说一下每步操作的目的
以及需要注意的地方,谢谢,也希望和大家多多交流
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Dreamalpen at 2014-11-07 09:22:07
顶一下,我也想了解了解

我看了之后好像是这样的:
1.配体准备:加氢,去盐,异构体识别
2.受体准备:加氢,去水,补残基
前二步是使配体和受体处于最优构象
3.定义格点文件:限制对接的位置
4.进行GLIDE对接,使配体能够与受体很好的接合
5.定义受体中能够产生共价作用的位置的格点文件
6.进行Covalent docking 得出结果
7.对结果进行分析
想问下仁兄是怎么理解的
3楼2014-11-07 09:42:35
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Dreamalpen at 2014-11-07 10:09:19
我的理解是先进行普通的分子对接,之后再进行共价对接。
共价对接的前提是分子对接效果比较好?...

恩,教程上面说先进行普通对接
Dock the ligands into noncovalently bound poses that are suitable for covalent bond formation.
5楼2014-11-07 11:46:36
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by worgjin at 2014-11-11 21:26:57
你用的是哪个版本?2011版用起来非常简单,定义配体连接的,再定义受体上离去的原子,运行即可。后来的版本比较麻烦的地方就是先要去选反应类型,它里面默认的那些反应很多时候不能满足我要求,需要去技术支持去联系 ...

我用的是9.9版本,一般只需要迈克尔反应就好
8楼2014-11-11 21:52:06
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