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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 如何用schrodinger薛定谔软件做配体和受体之间的共价对接?已有2人参与

各位仁兄和版主,我这几天在学schrodinger软件,看了其中的Covalent Docking手册,还是没有太多头绪,
想问一下用这个软件做共价键的对接的程序或者流程具体是怎么操作的,最好能详细说一下每步操作的目的
以及需要注意的地方,谢谢,也希望和大家多多交流
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bobbycn

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
秋叶城破: 金币+5, 有帮助, 恩,细节上要确定,每次对接考虑的情况不一样 2014-11-10 10:14:50
其实说白了就是先把两分子靠近,再连起来。

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-11-10 01:51:05
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Dreamalpen

金虫 (小有名气)

顶一下,我也想了解了解
2010年10月13日,美国费城,一名男子在晨曦中前行
2楼2014-11-07 09:22:07
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秋叶城破

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Dreamalpen at 2014-11-07 09:22:07
顶一下,我也想了解了解

我看了之后好像是这样的:
1.配体准备:加氢,去盐,异构体识别
2.受体准备:加氢,去水,补残基
前二步是使配体和受体处于最优构象
3.定义格点文件:限制对接的位置
4.进行GLIDE对接,使配体能够与受体很好的接合
5.定义受体中能够产生共价作用的位置的格点文件
6.进行Covalent docking 得出结果
7.对结果进行分析
想问下仁兄是怎么理解的
3楼2014-11-07 09:42:35
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Dreamalpen

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 秋叶城破 at 2014-11-07 09:42:35
我看了之后好像是这样的:
1.配体准备:加氢,去盐,异构体识别
2.受体准备:加氢,去水,补残基
前二步是使配体和受体处于最优构象
3.定义格点文件:限制对接的位置
4.进行GLIDE对接,使配体能够与受体很好的 ...

我的理解是先进行普通的分子对接,之后再进行共价对接。
共价对接的前提是分子对接效果比较好?
2010年10月13日,美国费城,一名男子在晨曦中前行
4楼2014-11-07 10:09:19
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