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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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364123299

金虫 (小有名气)

[求助] Gromacs 添加盒子形状 已有1人参与

gmx editconf -f 2CY7_processed.gro -o 2CY7_newbox.gro -d 1.0 -bt
gmx solvate -cp 2CY7_newbox.gro -cs spc216.gro -o 2CY7_sol.gro -p topol.top

为什么我用VMD观察的时候变成六面体了?而且水也不填充盒子

Gromacs 添加盒子形状
Screenshot from 2015-03-09 09:27:36.png
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
使用editconf加一个参数可以修改盒子的类型,-bt,试试
gromacs
2楼2015-03-10 15:49:03
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364123299

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2015-03-10 15:49:03
使用editconf加一个参数可以修改盒子的类型,-bt,试试

我设置的是等12面体,就变成上面的样子
设置四面体的话就没有问题,水和盒子都很正常
3楼2015-03-11 21:47:06
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