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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 活性中心含金属的酶的参数设置
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youkiwang

新虫 (初入文坛)

[求助] 活性中心含金属的酶的参数设置

按照生物分子模拟论坛中版主的教程http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=381，使用autodock4.2进行含钼酶1FIQ和Febuxostat的对接，对接很成功，但是有一个疑惑，手工修改pdbqt文件中金属的电荷，这个电荷怎样确定呢？我改成了原电荷，就是把Mo设置成了6.00，这样设置对吗？我是个新手不太懂，但是看别的电荷并不是这个原子的原电荷，还有我的dlg中Ki值竟达到了am级别，报道中这个化合物的ki的单位为nm,深深的忧虑，不知道怎样确定电荷，查别人对接的文章里又都不提及这一问题，向大家求助，帮帮我吧，金币不多，感激不禁。
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奋斗吧青年
1楼 2015-03-03 16:56:59
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╰☆╮sun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-05 09:05:09
没有人来回答咩

您好！请问您还有生物分子模拟论坛中版主的使用autodock4.2进行含钼酶1FIQ和Febuxostat的对接教程吗？原链接已看不到，谢谢！
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harderworking
4楼2018-10-12 08:07:12
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youkiwang

新虫 (初入文坛)
没有人来，我还有问题autodock vina,做活性中心有金属的蛋白酶的效果如何？另如果用vina做，需要哪些前处理？
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奋斗吧青年
2楼2015-03-03 22:42:28
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