| 查看: 1304 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
请问遇到下面问题怎么办，谢谢 已有1人参与
|
|||
|
1AKI.pdb在gromacs中进行到能量最小化（输入的命令行是：grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr）。系统给出的提示是：WARNING 1 [file minim.mdp ,line 12]; unknown left-hand cutoff-scheme in parameter file. minim.mdp的参数： integrator = steep emtol = 1000 emstep = 0.01 nstlist = 1 cutoff-scheme =verlet ns-type = grid coulombtype = PME rcoulomb =1.0 rvdw = 1.0 pbc =xyz 在Ubuntu上安装grace，步骤如下 cd grace/ ls (屏幕显示grace-5.1.19.tar.gz) tar -zxvf grace-5.1.19.tar.gz ./configure --enable-float(后面换成: ./configure) 系统提示： bash: ./configure:没有那个文件或目录 我还试了下面的步骤： cd grace/ ls (屏幕显示grace-5.1.19.tar.gz) tar -zxvf grace-5.1.19.tar.gz cd grace-5.1.19 make make install 为了验证grace是否安装成功，在终端输入xmgrace -nxy fws_pe.xvg 系统提示：程序xmgrace尚未安装 其中grace-5.1.19中有makefile 和configure文件 问题1：上面提到的line 12 是指minim.mdp中的第12行参数吗？如果是的话，minimum.mdp文件中只有10行，系统给出的提示中为什么是line 12? 问题2：遇到WARNING 1 [file minim.mdp ,line 12]; unknown left-hand cutoff-scheme in parameter file.怎么办？ 问题3：:遇到bash: ./configure:没有那个文件或目录，怎么处理 问题4：遇到系统提示：程序xmgrace尚未安装，怎么处理 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜欢
材料与化工（0856）304求 B区 调剂
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有8人回复
-
265求调剂
已经有14人回复
-
350 本科985求调剂，求老登收留
已经有3人回复
-
【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂
已经有9人回复
-
初试 317
已经有3人回复
-
279分求调剂 一志愿211
已经有15人回复
-
286求调剂
已经有4人回复
-
279求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 创建耦合，加载之后出现下面的错误，是什么原因？谢谢
已经有5人回复
- dmol优化铁簇的问题
已经有16人回复
- 苹果多酚工艺优化在design-expert软件遇到的问题失拟项太明显该怎么办，急求解答谢谢
已经有7人回复
- latex安装过程中出现下面的问题，组件传送错误，拒绝访问，请问该怎么解决啊
已经有5人回复
- fluent封闭流场的一些问题，请宠友们来探讨一下。
已经有14人回复
- ICEM结构网格出问题了，怎么办，好心人来讨论一下.........
已经有8人回复
- fluent封闭流场的遇到的一些问题，麻烦大家来探讨一下，求大神指点。多谢各位
已经有9人回复
- 关于抗磁材料和顺磁材料是否存在磁滞回线的问题
已经有12人回复
- 最近word老是出现这个问题，请问怎么解决
已经有8人回复
- 用360浏览器经常出现这样的问题，怎么办。
已经有8人回复
- 准备签证过程中遇到的一些问题，求P助！
已经有6人回复
- LDA+U遇到的一个奇怪的问题？？？
已经有14人回复
- 问下这个问题怎么解决.....真心啊
已经有4人回复
- 本人查阅文献，遇到一个问题，请教哪位给我解答哈，在下将不胜感激！
已经有18人回复
- matlab程序运行总是出现下面的错误，请各位高手指点一下，谢谢了！急 急急
已经有5人回复
- 2个A类错误，求解决办法
已经有19人回复
- （急）投稿中遇到的问题，谢谢
已经有9人回复
- 【求助】分水器除水，甲苯与水共沸的问题
已经有25人回复
- 【求助】看文献中遇到一个问题，请教各位大虾!
已经有10人回复
- 怎么会出现这样的错误，求解决谢谢
已经有5人回复
- 【求助】帮忙计算一下第二题阴影部分的面积 谢谢
已经有4人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
已经有10人回复
- 【求助】forrtl: error (78): 怎么回事？
已经有7人回复
- 【求助】初学MS遇到下面这个问题怎么解决
已经有18人回复
|
; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 0.8 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 我用上面这个mdp文件又试了下，系统给出的错误提示为WARNING 1 [file minim.mdp, line 14]: Unknown left-hand 'cutoff-scheme' in parameter file |
3楼2015-01-24 13:41:23
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2015-01-24 10:38:54
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
4楼2015-01-24 16:14:55
5楼2015-01-24 16:55:57
