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请问遇到下面问题怎么办，谢谢 已有1人参与
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1AKI.pdb在gromacs中进行到能量最小化（输入的命令行是：grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr）。系统给出的提示是：WARNING 1 [file minim.mdp ,line 12]; unknown left-hand cutoff-scheme in parameter file. minim.mdp的参数： integrator = steep emtol = 1000 emstep = 0.01 nstlist = 1 cutoff-scheme =verlet ns-type = grid coulombtype = PME rcoulomb =1.0 rvdw = 1.0 pbc =xyz 在Ubuntu上安装grace，步骤如下 cd grace/ ls (屏幕显示grace-5.1.19.tar.gz) tar -zxvf grace-5.1.19.tar.gz ./configure --enable-float(后面换成: ./configure) 系统提示： bash: ./configure:没有那个文件或目录 我还试了下面的步骤： cd grace/ ls (屏幕显示grace-5.1.19.tar.gz) tar -zxvf grace-5.1.19.tar.gz cd grace-5.1.19 make make install 为了验证grace是否安装成功，在终端输入xmgrace -nxy fws_pe.xvg 系统提示：程序xmgrace尚未安装 其中grace-5.1.19中有makefile 和configure文件 问题1：上面提到的line 12 是指minim.mdp中的第12行参数吗？如果是的话，minimum.mdp文件中只有10行，系统给出的提示中为什么是line 12? 问题2：遇到WARNING 1 [file minim.mdp ,line 12]; unknown left-hand cutoff-scheme in parameter file.怎么办？ 问题3：:遇到bash: ./configure:没有那个文件或目录，怎么处理 问题4：遇到系统提示：程序xmgrace尚未安装，怎么处理 |
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 MDs-Gromacs |
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fangsteel
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2楼2015-01-24 10:38:54
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; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 0.8 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 我用上面这个mdp文件又试了下，系统给出的错误提示为WARNING 1 [file minim.mdp, line 14]: Unknown left-hand 'cutoff-scheme' in parameter file |
3楼2015-01-24 13:41:23
fangsteel
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