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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 园艺 » 谁会设计EST-SSR引物？帮帮俺。
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happydd点点

铜虫 (小有名气)

[求助] 谁会设计EST-SSR引物？帮帮俺。 已有1人参与

既然SSR引物那么难设计，暂时不想设计了。听说EST-SSR引物好设计。谁能帮俺设计。作物菠菜。不知道这样过不过分。。。。。。。
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1楼 2015-01-21 14:05:43
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
前提是有庞大的est数据库。
你上ncbi，编几条类似”ATATATATATATATATAT“；”ATAATAATAATAATA"，“CTTCTTCTTCTTCTTCTT”这类的序列，在est数据库里blast，物种选择为菠菜（拉丁名，自己去查），看看能blast多少出来。用blast出来的这些序列，在重复序列两端设计引物。
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2楼2015-01-21 14:21:40
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 14:21:40
前提是有庞大的est数据库。
你上ncbi，编几条类似”ATATATATATATATATAT“；”ATAATAATAATAATA"，“CTTCTTCTTCTTCTTCTT”这类的序列，在est数据库里blast，物种选择为菠菜（拉丁名，自己去查），看看能blast多 ...

如果ncbi里blast出来的太少，可以考虑去测一个转录组，用测出来的数据blast
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3楼2015-01-21 14:23:08
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happydd点点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 14:23:08
如果ncbi里blast出来的太少，可以考虑去测一个转录组，用测出来的数据blast...

怎么测转录组？
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4楼2015-01-21 15:07:52
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

找公司花钱测，http://www.majorbio.com/html/actives/promotion/RNA/RNAseq.html
我不是做广告只是举个例子。
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5楼2015-01-21 15:15:14
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happydd点点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 15:15:14
找公司花钱测，http://www.majorbio.com/html/actives/promotion/RNA/RNAseq.html
我不是做广告只是举个例子。

哦哦。好的。
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6楼2015-01-21 16:19:49
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happydd点点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 15:15:14
找公司花钱测，http://www.majorbio.com/html/actives/promotion/RNA/RNAseq.html
我不是做广告只是举个例子。

我一点都不懂，看一堆文献，还是理解不了。
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7楼2015-01-21 16:20:10
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

告诉我菠菜的拉丁名， 我帮你看看
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8楼2015-01-21 17:02:08
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

菠菜est数据太少，不行。
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9楼2015-01-21 17:25:20
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happydd点点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 17:25:20
菠菜est数据太少，不行。

额，有1351条EST，的确少，但应该也能设计吧。之前有篇文章是做的EST-SSR引物设计，但是只有摘要，没有全文，联系作者也没音讯。
谁会设计EST-SSR引物？帮帮俺。
1.png
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10楼2015-01-22 08:42:57
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