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happydd点点

铜虫 (小有名气)

[求助] 谁会设计EST-SSR引物?帮帮俺。 已有1人参与

既然SSR引物那么难设计,暂时不想设计了。听说EST-SSR引物好设计。谁能帮俺设计。作物菠菜。不知道这样过不过分。。。。。。。
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
前提是有庞大的est数据库。
你上ncbi,编几条类似”ATATATATATATATATAT“;”ATAATAATAATAATA",“CTTCTTCTTCTTCTTCTT”这类的序列,在est数据库里blast,物种选择为菠菜(拉丁名,自己去查),看看能blast多少出来。用blast出来的这些序列,在重复序列两端设计引物。
2楼2015-01-21 14:21:40
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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2楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 14:21:40
前提是有庞大的est数据库。
你上ncbi,编几条类似”ATATATATATATATATAT“;”ATAATAATAATAATA",“CTTCTTCTTCTTCTTCTT”这类的序列,在est数据库里blast,物种选择为菠菜(拉丁名,自己去查),看看能blast多 ...

如果ncbi里blast出来的太少,可以考虑去测一个转录组,用测出来的数据blast
3楼2015-01-21 14:23:08
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happydd点点

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 14:23:08
如果ncbi里blast出来的太少,可以考虑去测一个转录组,用测出来的数据blast...

怎么测转录组?
4楼2015-01-21 15:07:52
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

找公司花钱测,http://www.majorbio.com/html/actives/promotion/RNA/RNAseq.html
我不是做广告只是举个例子。
5楼2015-01-21 15:15:14
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happydd点点

铜虫 (小有名气)

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5楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 15:15:14
找公司花钱测,http://www.majorbio.com/html/actives/promotion/RNA/RNAseq.html
我不是做广告只是举个例子。

哦哦。好的。
6楼2015-01-21 16:19:49
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happydd点点

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 15:15:14
找公司花钱测,http://www.majorbio.com/html/actives/promotion/RNA/RNAseq.html
我不是做广告只是举个例子。

我一点都不懂,看一堆文献,还是理解不了。
7楼2015-01-21 16:20:10
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

告诉我菠菜的拉丁名, 我帮你看看
8楼2015-01-21 17:02:08
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

菠菜est数据太少,不行。
9楼2015-01-21 17:25:20
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happydd点点

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-21 17:25:20
菠菜est数据太少,不行。

额,有1351条EST,的确少,但应该也能设计吧。之前有篇文章是做的EST-SSR引物设计,但是只有摘要,没有全文,联系作者也没音讯。
谁会设计EST-SSR引物?帮帮俺。
1.png

10楼2015-01-22 08:42:57
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