24小时热门版块排行榜    

查看: 1636  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

分子模拟菜鸟

新虫 (初入文坛)

[交流] 在ncbi上下载的分子在autodock中打开就报错,用sybyl搭建的也报错 已有3人参与

各位大神们,想请教一个问题。我在ncbi上下载的小分子sdf文件,然后用pymol直接另存为pdb文件,用autodock打开时就报错。之后我又自己用sybyl直接搭建了一个小分子结构,保存为pdb结构,也报错。不知道各位知不知道有什么方法能够解决这个问题,不胜感激!报错的内容如上传的图片所示,谢谢各位了!



还有一个想请教的问题,我们有一个酶,它的底物也是大分子的蛋白,我们做了这个酶的一些删除突变体,在体外检测了突变体与底物的相互作用,我们想用分子模拟的方法看看删除突变后,酶和底物的相互作用出现了什么变化,不知道有什么比较简单方便的软件能够完成这项工作,各位能否推荐一下呢?感激不尽!

在ncbi上下载的分子在autodock中打开就报错,用sybyl搭建的也报错
捕获.PNG
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

分子模拟菜鸟

新虫 (初入文坛)

我是在虚拟操作系统里使用的ADT,在用chemdraw搭建后也用chem3D另存为了pdb格式,还是找不出是什么问题,不知道怎么处理。
5楼2015-02-01 20:25:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

wbf3ng

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
一看就是在win下的ADT,我用的时候都是出现各种各样的错误,最后是再没办法,在LINUX下基本没出现过问题。另外一个,建议对SDF,PDB,PDBQT几种文件格式有简单的了解,才能发现文件转换格式时候的错误怎么排除。貌似上面的错误是格式转换的时候出错。
2楼2015-01-22 22:20:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
下的时候下具有三维结构的文件,画的也要转成三维的。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-01-23 07:09:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
用chem3d处理就好了
4楼2015-01-30 11:06:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +3 德尚中行 2026-08-27 3/150 2026-08-28 15:24 by rongshuxia
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
请填处理意见