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分子模拟菜鸟

新虫 (初入文坛)

[交流] 在ncbi上下载的分子在autodock中打开就报错,用sybyl搭建的也报错 已有3人参与

各位大神们,想请教一个问题。我在ncbi上下载的小分子sdf文件,然后用pymol直接另存为pdb文件,用autodock打开时就报错。之后我又自己用sybyl直接搭建了一个小分子结构,保存为pdb结构,也报错。不知道各位知不知道有什么方法能够解决这个问题,不胜感激!报错的内容如上传的图片所示,谢谢各位了!



还有一个想请教的问题,我们有一个酶,它的底物也是大分子的蛋白,我们做了这个酶的一些删除突变体,在体外检测了突变体与底物的相互作用,我们想用分子模拟的方法看看删除突变后,酶和底物的相互作用出现了什么变化,不知道有什么比较简单方便的软件能够完成这项工作,各位能否推荐一下呢?感激不尽!

在ncbi上下载的分子在autodock中打开就报错,用sybyl搭建的也报错
捕获.PNG
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pymol

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用chem3d处理就好了
4楼2015-01-30 11:06:36
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wbf3ng

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
一看就是在win下的ADT,我用的时候都是出现各种各样的错误,最后是再没办法,在LINUX下基本没出现过问题。另外一个,建议对SDF,PDB,PDBQT几种文件格式有简单的了解,才能发现文件转换格式时候的错误怎么排除。貌似上面的错误是格式转换的时候出错。
2楼2015-01-22 22:20:50
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wbf3ng

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
下的时候下具有三维结构的文件,画的也要转成三维的。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-01-23 07:09:51
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分子模拟菜鸟

新虫 (初入文坛)

我是在虚拟操作系统里使用的ADT,在用chemdraw搭建后也用chem3D另存为了pdb格式,还是找不出是什么问题,不知道怎么处理。
5楼2015-02-01 20:25:57
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