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菲同寻常
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批量提交作业
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我有一系列的文件2k-1.pdb,2k-3.pdb.......,我需要用一个软件对每个文件进行运算生成2k-1.out,2k-2.out.......,我想批量提交这些作业,但是我不知道怎么写脚本,希望大神赐教!
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1楼
2015-01-02 12:27:03
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感谢参与,应助指数 +1
What's script are you familiar with? Shell or cash or perk. There is command to read in a file. You can put all your pdb in one file and let the script read in whole file and process for you. Good luck.
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2015-01-02 13:33:42
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2楼
:
Originally posted by
zaq123321
at 2015-01-02 13:33:42
What's script are you familiar with? Shell or cash or perk. There is command to read in a file. You can put all your pdb in one file and let the script read in whole file and process for you. Good lu ...
我只懂一点shell,我写了一个shell脚本:
#!/bin/bash
for i in *.pdb
do
./shiftx 1X <${i}> ${i}.out
done
这样1.pdb运算后输出的是1.pdb.out ,那个软件不识别这种输出文件名。怎么能让它输出1.out 的文件名?
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3楼
2015-01-02 13:50:55
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很有帮助
2015-01-02 14:23:11
After do, define base='base name ${i}'
Change >$base.out
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4楼
2015-01-02 14:01:02
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:
Originally posted by
zaq123321
at 2015-01-02 14:01:02
After do, define base='base name ${i}'
Change >$base.out
Basename
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5楼
2015-01-02 14:02:23
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Originally posted by
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at 2015-01-02 14:02:23
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...
谢谢,我知道了
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2015-01-02 14:23:25
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${i%.pbs}也一样,自动从变量内容中抠掉最后的.pdb
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2015-01-05 09:37:37
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Originally posted by
fmying
at 2015-01-05 09:37:37
${i%.pbs}也一样,自动从变量内容中抠掉最后的.pdb
是${i%.pdb}
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上善若水
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2015-01-05 09:38:17
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