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mengsk

金虫 (著名写手)


[交流] KF, KCl, KBr, KI 在水溶液中的动力学模拟,只有KCl提交作业的时候报错

我跑了一下 KF, KCl, KBr, KI 在水溶液中的动力学,除了KCl提交作业的时候报错,其它的都能正常运算。
qm@linux-ewm9:~/Calculation/2012.04.09_gromacs_calculation/2012.06.07_pt_try_2/2012.08.07_try_ff/2013.03.25_anion_water/Cl_water> nohup: ignoring input and appending output to `nohup.out'

[1]+  Exit 1                  nohup mpirun -np 2 mdrun -s topol.tpr

md.log文件中报错信息是:
Fatal error:
2 particles communicated to PME node 0 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group
麻烦高手看看是什么问题吧?谢谢
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匿名

用户注销 (正式写手)


★ ★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 是啊,这都被你看出来了哈~ 2013-03-28 16:10:13
本帖仅楼主可见
3楼2013-03-27 23:12:04
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匿名

用户注销 (正式写手)


本帖仅楼主可见
4楼2013-03-27 23:12:17
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

emrecoba

银虫 (正式写手)



mengsk(金币+1): 谢谢参与
出现这个情况一般是top文件出现问题,LZ可以仔细检查一下top文件和itp文件,看看有没有什么数值一不小心写错了。
6楼2013-06-26 13:57:25
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简单回复
fyz72322楼
2013-03-27 20:06   回复  
mengsk(金币+1): 谢谢参与
2013-03-29 17:48   回复  
mengsk(金币+1): 谢谢参与
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