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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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小小的散

新虫 (初入文坛)

[求助] 从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办 已有1人参与

本来是想用TSA的数据去做BLAST的,可是下下来的文件是这个格式的(附图),求问这些二进制文件应该用什么打开呢?
新虫一条求帮助了撒~~

从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办
搜狗截图20141225104506.png
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小小的散

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-25 14:09:10
这个是已经建好的库文件 你直接用就行了
-db 文件名

哦哦!谢谢!
还有一些问题,请问是用哪一个文件呢?如果我想对其中一部分的物种做BLAST可以么?
3楼2014-12-25 15:29:06
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查看全部 8 个回答

wpwupingwp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个是已经建好的库文件 你直接用就行了
-db 文件名
南无观世音菩萨
2楼2014-12-25 14:09:10
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小小的散: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 小小的散 2014-12-26 10:36:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-25 15:29:06
哦哦!谢谢!
还有一些问题,请问是用哪一个文件呢?如果我想对其中一部分的物种做BLAST可以么?...

要不你直接搜物种 下下来的序列用makeblastdb建库
用整个库就是稍微慢一点 用的时候不用写文件扩展名 直接-db tsa_nt
南无观世音菩萨
4楼2014-12-25 17:11:34
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小小的散

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-25 17:11:34
要不你直接搜物种 下下来的序列用makeblastdb建库
用整个库就是稍微慢一点 用的时候不用写文件扩展名 直接-db tsa_nt...

恩恩~这个会用了~就是物种那里有点麻烦,因为从ftp下下来的就是整个数据库...所以怎么检索某个特定物种还得再想想...谢谢了撒!!
5楼2014-12-26 10:37:35
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