应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 下载的SRA数据，如何自己用？转换成fasta格式呢？
101/1返回列表
查看: 3525  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yinzhangqian

铜虫 (小有名气)

[求助] 下载的SRA数据，如何自己用？转换成fasta格式呢？ 已有1人参与

SRA的数据用什么软件能看啊 我下载了别人的数据 可是不知道如何分析，如何转换fasta格式呢？求指导，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求索
1楼 2013-05-03 19:15:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://www.youtube.com/watch?v=sI0u1Aey3L8
这个讲得很清楚
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-04 07:47:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinzhangqian

铜虫 (小有名气)
怎么打不开呢？
回复此楼
求索
3楼2013-05-04 08:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ct586

至尊木虫 (著名写手)

未来牛人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-05-05 07:40:43
在NCBI下载SRA的处理软件sra_sdk，安装之后运行fastq-dump *.sra 就得到fastq文件，如果有需要再自己转成fasta。awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta.
赞一下(2人) 回复此楼
我的博客，欢迎关注http://blog.genesino.com/
4楼2013-05-04 09:39:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

an0ta

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ct586 at 2013-05-04 09:39:11
在NCBI下载SRA的处理软件sra_sdk，安装之后运行fastq-dump *.sra 就得到fastq文件，如果有需要再自己转成fasta。awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fast ...

请问在win7系统里面可以运行么？搞了好久都没看到一个可运行的文件啊~~~求指导
赞一下 回复此楼
责任感！
5楼2014-03-19 21:01:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ct586

至尊木虫 (著名写手)

未来牛人

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by an0ta at 2014-03-19 21:01:14
请问在win7系统里面可以运行么？搞了好久都没看到一个可运行的文件啊~~~求指导...

似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/
赞一下 回复此楼
我的博客，欢迎关注http://blog.genesino.com/
6楼2014-03-25 14:08:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

an0ta

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ct586 at 2014-03-25 14:08:58
似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/...

没找到额~~
不过一个2G多的数据下载下来还真不知从何分析起呢，我想克隆一个新基因，同源性不高，设计了七八对兼并引物都没有得到想要的序列，不知道前辈有没有什么高见~~
赞一下 回复此楼
责任感！
7楼2014-03-29 20:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙猫4327

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ct586 at 2014-03-25 14:08:58
似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/...

该怎么转换呢，现在老师让自己研究，到现在都没有琢磨明白，能麻烦一下给我稍微讲解一下吗，万分感激。
赞一下 回复此楼
8楼2016-03-10 22:07:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackyoung

新虫 (正式写手)
Windows下最好用虚拟机安个linux，毕竟在处理方面远比win强大。你这种情况是需要将数据组装下看看的，基本确定离开linux在本地是搞不定的。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
CestLaVie
9楼2016-03-11 08:45:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wtsppl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by an0ta at 2014-03-29 20:45:29
没找到额~~
不过一个2G多的数据下载下来还真不知从何分析起呢，我想克隆一个新基因，同源性不高，设计了七八对兼并引物都没有得到想要的序列，不知道前辈有没有什么高见~~...

您好，后来您怎么解决的呢？
赞一下 回复此楼
10楼2019-11-16 20:26:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yinzhangqian 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +9 柴郡猫_ 2026-03-12 9/450 2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +3 梨花珞晚风 2026-03-17 3/150 2026-03-17 09:04 by 晗晗调剂上岸
[考研] 304求调剂 +7 小熊joy 2026-03-14 7/350 2026-03-17 08:53 by 雾散后相遇lc
[考研] [复试调剂]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:35 by 沐霖12138
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 344求调剂 +3 knight344 2026-03-16 3/150 2026-03-16 09:42 by 无际的草原
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 工科，求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭