应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 下载的SRA数据，如何自己用？转换成fasta格式呢？
51/1返回列表
查看: 3863  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yinzhangqian

铜虫 (小有名气)

[求助] 下载的SRA数据，如何自己用？转换成fasta格式呢？ 已有1人参与

SRA的数据用什么软件能看啊 我下载了别人的数据 可是不知道如何分析，如何转换fasta格式呢？求指导，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求索
1楼 2013-05-03 19:15:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

an0ta

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ct586 at 2014-03-25 14:08:58
似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/...

没找到额~~
不过一个2G多的数据下载下来还真不知从何分析起呢，我想克隆一个新基因，同源性不高，设计了七八对兼并引物都没有得到想要的序列，不知道前辈有没有什么高见~~
赞一下 回复此楼
责任感！
7楼2014-03-29 20:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://www.youtube.com/watch?v=sI0u1Aey3L8
这个讲得很清楚
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-04 07:47:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ct586

至尊木虫 (著名写手)

未来牛人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-05-05 07:40:43
在NCBI下载SRA的处理软件sra_sdk，安装之后运行fastq-dump *.sra 就得到fastq文件，如果有需要再自己转成fasta。awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta.
赞一下(2人) 回复此楼
我的博客，欢迎关注http://blog.genesino.com/
4楼2013-05-04 09:39:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

an0ta

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ct586 at 2013-05-04 09:39:11
在NCBI下载SRA的处理软件sra_sdk，安装之后运行fastq-dump *.sra 就得到fastq文件，如果有需要再自己转成fasta。awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fast ...

请问在win7系统里面可以运行么？搞了好久都没看到一个可运行的文件啊~~~求指导
赞一下 回复此楼
责任感！
5楼2014-03-19 21:01:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭