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cashehe

木虫 (职业作家)

[求助] 请问如何将这些序列转化为FASTA格式?

老板要求:

根据已经查到的相关的十几个基因的序列,通过NIBC Blast找到相似度较大的序列,一律转换为FASTA的格式。

我在网上查了,这是NIBC的举例:

>gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED)
QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAEKMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKIEEKYNLTSVLMALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIEDIKHSPESEQFRADHPFLFLIKHNPTNTIVYFGRYWSP

但我在Blast后筛选到的基因序列中却看不到这样的格式,只看到截图的结果,以及下面的结果:

ORIGIN      
        1 tcaggcaaaa ctcctcagat agtcgggctc ggtactccag ctgatgcacg aaaccgggca
       61 gacatcaatg gcaccatgtt ggatatcgtc ctcggatgcg ccattggggt cgtaacactc
      121 cgccttgttt tcgtcatcga aacgaaacac ctcggaaacg ttgtccacgc agagcccgca
      181 gcttatgcat tcttccttgt caatccatgg tgccttgatc at

请问如何转换为FASTA格式呢?
给予最简明扼要但又清晰的回答的给予50分的重奖。只回答“见百度”“google一下”或给个网址的视为无效答案,呵呵。



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愚兄对你的景仰有如滔滔江水,绵绵不绝;又有如黄河泛滥,一发不可收拾。
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mlw8486

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你首先要知道什么是FASTA格式,一般是第一行是>和ID,第二行是序列,根据这个格式,你将你找到的序列手动转化下就好

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
justsoso......
2楼2012-07-20 01:14:41
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tupac225

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cashehe: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 谢谢,帮了大忙 2012-07-20 14:53:37
我来举个例子。都在附件中
新建 Microsoft Office PowerPoint 演示文稿.pptx
http://kuai.xunlei.com/d/GCGWREHSZENE?p=130497
coasttocoast。
3楼2012-07-20 08:50:59
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
>ID
XXXXXXXXXXXXXX
这个就是FASTA格式,试试
4楼2012-07-20 11:30:58
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tupac225

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by tupac225 at 2012-07-20 08:50:59
我来举个例子。都在附件中
新建 Microsoft Office PowerPoint 演示文稿.pptx
http://kuai.xunlei.com/d/GCGWREHSZENE?p=130497

你很给力。
coasttocoast。
5楼2012-07-20 15:00:00
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qq快乐园

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tupac225 at 2012-07-20 15:00:00
你很给力。...

能否分享一下,谢谢!
世事沧桑心事定,胸中海岳梦中飞
6楼2014-05-02 20:08:29
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追邃2015

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tupac225 at 2012-07-20 15:00:00
你很给力。...

能否分享一下,谢谢
7楼2014-07-12 11:56:01
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金刚007

新虫 (初入文坛)

这个好办,在NCBI中目的基因的右上角有send 图标,点击会出现complete record coding sequences等等,然后create file 即可。文件会保存在你下载里面。Txt可以打开。具体的格式是:>gi|159108128|ref|XM_001704216.1|  。。。。。。(GL90803_1076) mRNA, complete cds
ATGCCTGTCCCCATAGGCGAGCTGGCAGAGAGTCTCTACAATGCGCTTAACCTCGTAG
8楼2015-08-24 17:51:10
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神经生物一号

新虫 (初入文坛)

在NCBI左上角,有个FASTA的按钮。点进去蛋白序列就自动转换为FASTA格式了、
9楼2016-03-08 20:29:43
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