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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 下载的SRA数据，如何自己用？转换成fasta格式呢？
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yinzhangqian

铜虫 (小有名气)

[求助] 下载的SRA数据，如何自己用？转换成fasta格式呢？ 已有1人参与

SRA的数据用什么软件能看啊 我下载了别人的数据 可是不知道如何分析，如何转换fasta格式呢？求指导，谢谢
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求索
1楼 2013-05-03 19:15:48
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://www.youtube.com/watch?v=sI0u1Aey3L8
这个讲得很清楚
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2楼2013-05-04 07:47:03
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yinzhangqian

铜虫 (小有名气)
怎么打不开呢？
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求索
3楼2013-05-04 08:47:38
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ct586

至尊木虫 (著名写手)

未来牛人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-05-05 07:40:43
在NCBI下载SRA的处理软件sra_sdk，安装之后运行fastq-dump *.sra 就得到fastq文件，如果有需要再自己转成fasta。awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta.
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我的博客，欢迎关注http://blog.genesino.com/
4楼2013-05-04 09:39:11
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an0ta

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ct586 at 2013-05-04 09:39:11
在NCBI下载SRA的处理软件sra_sdk，安装之后运行fastq-dump *.sra 就得到fastq文件，如果有需要再自己转成fasta。awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fast ...

请问在win7系统里面可以运行么？搞了好久都没看到一个可运行的文件啊~~~求指导
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责任感！
5楼2014-03-19 21:01:14
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ct586

至尊木虫 (著名写手)

未来牛人

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by an0ta at 2014-03-19 21:01:14
请问在win7系统里面可以运行么？搞了好久都没看到一个可运行的文件啊~~~求指导...

似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/
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我的博客，欢迎关注http://blog.genesino.com/
6楼2014-03-25 14:08:58
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an0ta

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ct586 at 2014-03-25 14:08:58
似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/...

没找到额~~
不过一个2G多的数据下载下来还真不知从何分析起呢，我想克隆一个新基因，同源性不高，设计了七八对兼并引物都没有得到想要的序列，不知道前辈有没有什么高见~~
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责任感！
7楼2014-03-29 20:45:29
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龙猫4327

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ct586 at 2014-03-25 14:08:58
似乎不可以，我用Linux系统。你可以试试Galaxy，看看是否有在线转换的工具。https://usegalaxy.org/...

该怎么转换呢，现在老师让自己研究，到现在都没有琢磨明白，能麻烦一下给我稍微讲解一下吗，万分感激。
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8楼2016-03-10 22:07:07
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jackyoung

新虫 (正式写手)
Windows下最好用虚拟机安个linux，毕竟在处理方面远比win强大。你这种情况是需要将数据组装下看看的，基本确定离开linux在本地是搞不定的。

发自小木虫Android客户端
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CestLaVie
9楼2016-03-11 08:45:17
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wtsppl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by an0ta at 2014-03-29 20:45:29
没找到额~~
不过一个2G多的数据下载下来还真不知从何分析起呢，我想克隆一个新基因，同源性不高，设计了七八对兼并引物都没有得到想要的序列，不知道前辈有没有什么高见~~...

您好，后来您怎么解决的呢？
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10楼2019-11-16 20:26:05
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