应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 1580  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小小的散

新虫 (初入文坛)

[求助] 从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办 已有1人参与

本来是想用TSA的数据去做BLAST的，可是下下来的文件是这个格式的（附图），求问这些二进制文件应该用什么打开呢？
新虫一条求帮助了撒~~

从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办
搜狗截图20141225104506.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-12-25 10:52:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wpwupingwp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个是已经建好的库文件 你直接用就行了
-db 文件名
赞一下 回复此楼
南无观世音菩萨
2楼2014-12-25 14:09:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小的散

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-25 14:09:10
这个是已经建好的库文件 你直接用就行了
-db 文件名

哦哦！谢谢！
还有一些问题，请问是用哪一个文件呢？如果我想对其中一部分的物种做BLAST可以么？
赞一下 回复此楼
3楼2014-12-25 15:29:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wpwupingwp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小小的散: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 小小的散 2014-12-26 10:36:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-25 15:29:06
哦哦！谢谢！
还有一些问题，请问是用哪一个文件呢？如果我想对其中一部分的物种做BLAST可以么？...

要不你直接搜物种 下下来的序列用makeblastdb建库
用整个库就是稍微慢一点 用的时候不用写文件扩展名 直接-db tsa_nt
赞一下 回复此楼
南无观世音菩萨
4楼2014-12-25 17:11:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小的散

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-25 17:11:34
要不你直接搜物种 下下来的序列用makeblastdb建库
用整个库就是稍微慢一点 用的时候不用写文件扩展名 直接-db tsa_nt...

恩恩~这个会用了~就是物种那里有点麻烦，因为从ftp下下来的就是整个数据库...所以怎么检索某个特定物种还得再想想...谢谢了撒！！
赞一下 回复此楼
5楼2014-12-26 10:37:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wpwupingwp

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-26 10:37:35
恩恩~这个会用了~就是物种那里有点麻烦，因为从ftp下下来的就是整个数据库...所以怎么检索某个特定物种还得再想想...谢谢了撒！！...

不用ftp 用Entrez搜啊
Homo sapiens[Organism]
类似于这样的
赞一下 回复此楼
南无观世音菩萨
6楼2014-12-26 12:52:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小的散

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-26 12:52:40
不用ftp 用Entrez搜啊
Homo sapiens
类似于这样的...

恩...如果我想下的是某个物种全部TSA的序列数据在Entrez应该对哪个数据库进行检索呢？
赞一下 回复此楼
7楼2014-12-26 16:06:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wpwupingwp

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-26 16:06:07
恩...如果我想下的是某个物种全部TSA的序列数据在Entrez应该对哪个数据库进行检索呢？...

直接在核酸库 AND Transcriptome Shotgun Assembly 试试
赞一下 回复此楼
南无观世音菩萨
8楼2014-12-27 00:14:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小小的散 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂310 +12 温柔的晚安 2026-03-25 13/650 2026-03-29 20:01 by 无际的草原
[考研] 291求调剂 +7 Y-cap 2026-03-29 8/400 2026-03-29 19:53 by klasasda
[考研] 求收留 +5 1943443204 2026-03-28 5/250 2026-03-29 12:11 by 无际的草原
[考研] 332求调剂 +8 蕉蕉123 2026-03-28 8/400 2026-03-29 10:46 by 周梓丹
[考研] 2026年华南师范大学欢迎化学，化工，生物，生医工等专业优秀学子加入！ +3 llss0711 2026-03-28 6/300 2026-03-29 10:26 by llss0711
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +4 IceGuo 2026-03-26 5/250 2026-03-29 01:25 by griffith2014
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +8 谷雨上岸 2026-03-23 9/450 2026-03-29 01:00 by 我是小康
[考研] 356求调剂 +3 gysy?s?a 2026-03-28 3/150 2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 复试调剂 +3 raojunqi0129 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:27 by 落睿可思
[考研] 320分，材料与化工专业，求调剂 +9 一定上岸aaa 2026-03-27 13/650 2026-03-28 15:00 by 神马都不懂
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 一志愿吉大071010，316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[考研] 351求调剂 +4 麦克阿磊 2026-03-24 4/200 2026-03-27 00:32 by wxiongid
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
[考研] 求调剂 +6 研研，接电话 2026-03-24 7/350 2026-03-24 17:01 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭