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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办
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小小的散

新虫 (初入文坛)

[求助] 从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办 已有1人参与

本来是想用TSA的数据去做BLAST的，可是下下来的文件是这个格式的（附图），求问这些二进制文件应该用什么打开呢？
新虫一条求帮助了撒~~

从ftp.NCBI上下载的数据格式不是fasta怎么办
搜狗截图20141225104506.png
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1楼 2014-12-25 10:52:28
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个是已经建好的库文件 你直接用就行了
-db 文件名
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南无观世音菩萨
2楼2014-12-25 14:09:10
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小小的散

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-25 14:09:10
这个是已经建好的库文件 你直接用就行了
-db 文件名

哦哦！谢谢！
还有一些问题，请问是用哪一个文件呢？如果我想对其中一部分的物种做BLAST可以么？
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3楼2014-12-25 15:29:06
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小小的散: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 小小的散 2014-12-26 10:36:00
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3楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-25 15:29:06
哦哦！谢谢！
还有一些问题，请问是用哪一个文件呢？如果我想对其中一部分的物种做BLAST可以么？...

要不你直接搜物种 下下来的序列用makeblastdb建库
用整个库就是稍微慢一点 用的时候不用写文件扩展名 直接-db tsa_nt
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南无观世音菩萨
4楼2014-12-25 17:11:34
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小小的散

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-25 17:11:34
要不你直接搜物种 下下来的序列用makeblastdb建库
用整个库就是稍微慢一点 用的时候不用写文件扩展名 直接-db tsa_nt...

恩恩~这个会用了~就是物种那里有点麻烦，因为从ftp下下来的就是整个数据库...所以怎么检索某个特定物种还得再想想...谢谢了撒！！
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5楼2014-12-26 10:37:35
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-26 10:37:35
恩恩~这个会用了~就是物种那里有点麻烦，因为从ftp下下来的就是整个数据库...所以怎么检索某个特定物种还得再想想...谢谢了撒！！...

不用ftp 用Entrez搜啊
Homo sapiens[Organism]
类似于这样的
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南无观世音菩萨
6楼2014-12-26 12:52:40
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小小的散

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wpwupingwp at 2014-12-26 12:52:40
不用ftp 用Entrez搜啊
Homo sapiens
类似于这样的...

恩...如果我想下的是某个物种全部TSA的序列数据在Entrez应该对哪个数据库进行检索呢？
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7楼2014-12-26 16:06:07
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wpwupingwp

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小小的散 at 2014-12-26 16:06:07
恩...如果我想下的是某个物种全部TSA的序列数据在Entrez应该对哪个数据库进行检索呢？...

直接在核酸库 AND Transcriptome Shotgun Assembly 试试
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南无观世音菩萨
8楼2014-12-27 00:14:55
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