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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 结构优化出现problem with the distance matrix
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czp20110526

木虫 (小有名气)

[求助] 结构优化出现problem with the distance matrix已有1人参与

输出文件：
Small interatomic distances encountered:      2     1     3     1     3     2     4     1     4     2
Small interatomic distances encountered:      4     3     5     1     5     2     5     3     5     4
Small interatomic distances encountered:      6     1     6     2     6     3     6     4     6     5
Small interatomic distances encountered:      7     1     7     2     7     3     7     4     7     5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/g09/l202.exe at Mon Dec 22 02:08:33 2014.

输入文件：
#p opt(maxcyc=500) freq=noraman nosymm b3lyp/genecp iop(5/13=1) scf=(maxcyc=1000,vshift,novaracc)

Title Card Required

2 3
O                  1.80710000   -0.44267800    0.03327100
O                 -1.63554700   -0.11183200   -0.08409700
O                  0.14525400    0.97915700    2.10545100
H                 -0.57088000    1.51512800    2.47545100
H                  0.88391200    1.02382300    2.72948900
O                 -0.17345900   -1.90490800    1.81677700
H                  0.50230600   -2.50390300    2.16532400
H                 -0.98201200   -2.06409100    2.32461000
O                 -0.03377100   -2.53776900   -1.01974600
H                  0.71355500   -3.05518100   -1.35264300
H                 -0.82919400   -3.07334500   -1.15186200
O                  0.13113900   -0.01303600   -2.48364800
H                  0.91466600    0.12958100   -3.03383200
H                 -0.62831800   -0.06806300   -3.08130000
O                  0.36641300    2.12720900   -0.54956700
H                 -0.29419600    2.71843300   -0.93798000
H                  1.17084700    2.64871400   -0.41646200
Np                 0.08579300   -0.27691300   -0.02535300
N                 -4.31953602   -0.68299467   -2.30506699
N                 -2.91893543   -0.68242704   -2.37993143
H                 -2.48494269   -0.40025500   -1.52816734
H                 -4.64208327   -1.14257854   -3.15952077
H                 -2.44815438   -1.39036897   -2.90649270

H N O 0
6-31g*
****
Np 0
S 3 1.00
12608.7120000 0.000283
1860.7357000 0.002197
362.9014700 0.007792
S 1 1.00
109.2067200 1.0
S 3 1.00
63.7434260 0.060657
37.2488640 -0.256338
21.6917530 0.728259
S 1 1.00
10.5354930 1.0
S 1 1.00
2.9743190 1.0
S 1 1.00
1.5975970 1.0
S 1 1.00
0.6358520 1.0
S 1 1.00
0.2881220 1.0
S 1 1.00
0.0590980 1.0
S 1 1.00
0.0240410 1.0
P 5 1.00
2910.4057000 0.000074
702.6976100 0.000571
225.0786100 0.002833
81.0763820 0.007889
25.4817050 0.016924
P 1 1.00
14.9892380 1.0
P 1 1.00
8.7634560 1.0
P 1 1.00
3.6275340 1.0
P 1 1.00
1.8062750 1.0
P 1 1.00
0.6853270 1.0
P 1 1.00
0.2939420 1.0
P 1 1.00
0.1030860 1.0
P 1 1.00
0.0308800 1.0
D 6 1.00
466.3282000 0.000053
160.0231800 0.000378
60.9150000 0.001967
18.4003070 0.026101
10.8237100 -0.088883
3.7149000 0.450510
D 1 1.00
1.8343810 1.0
D 1 1.00
0.8178830 1.0
D 1 1.00
0.2716130 1.0
D 1 1.00
0.0835950 1.0
F 5 1.00
110.5329600 0.000259
36.9281390 0.002616
15.1558070 0.011226
4.9877490 0.135563
2.4414710 0.343223
F 1 1.00
1.1048580 1.0
F 1 1.00
0.4554700 1.0
F 1 1.00
0.1617190 1.0
G 4 1.00
110.5329600 0.000164
36.9281390 0.002792
15.1558070 0.027455
4.9877490 0.145211
G 1 1.00
2.4414710 1.0
G 1 1.00
1.1048500 1.0
****

Np 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.00000000 0.00000000
S-H
1
2 16.77194770 541.53853851
P-H
1
2 9.78355277 191.08457137
D-H
1
2 9.03422660 146.40258923
F-H
1
2 7.12184827 60.39433314
G-H
1
2 13.41832253 -62.62618508

大神们知不知道这是怎么回事？求帮助，急急急！！！！！！！！！
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我想对自己说：加油！
1楼2014-12-22 11:03:31
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莹莹的狗

铁虫 (小有名气)
楼主我也遇到相同的问题了，请问你找到问题和解决方法了吗？
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2楼2019-06-18 20:40:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional
是不是原子间距离太近了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
独立之精神自由之思想
3楼2019-06-24 08:41:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小薛冲冲冲

禁虫
本帖内容被屏蔽
4楼2021-03-08 13:37:14
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小薛冲冲冲 at 2021-03-08 00:37:14
同样的问题

一般来说提示
Problem with the distance matrix.

要么是因为，分子结构没有设置好，有的原子太近了。或者有时候是在用GaussView画分子的时候没画好有原子之间重叠了。这个一般在任务一开始就会出错。

另外一种常见的情形就是优化到一半出这个错误。那最有可能的情况就是使用赝势基组的时候 其中的赝势部分没有正确的加上让有的原子赝势缺失就会导致优化到很诡异的结构。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2021-03-08 19:11:54
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