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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Problem with the distance matrix
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longyun80

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Problem with the distance matrix 已有2人参与

我在用oniom优化一个分子筛晶体结构的时候，计算终止并提示Problem with the distance matrix. 有一部分原子时固定的，结构我是从CIF文件转化来的，请问如何解决这个问题，能继续优化下去？下面是输入的文件：
%chk=G:\gaussian in and out\new28T\32-1.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt oniom(b3lyp/6-31g(d):uff) geom=connectivity

Title Card Required

0 2 0 2 0 2
Al-Al3           0    1.497500   -2.492900   -0.110100 H
Si-Si3           -1    1.497500    5.057300   -0.110100 L
Si-Si3           -1   -1.584500   -4.902700    4.436500 L
Si-Si3           -1  -6.245600    5.702900   -0.318200 L
Si-Si3            0  3.789400   -3.138500   -2.065400 H
Si-Si3           -1    3.789400    5.702900   -2.065400 L
Si-Si3           -1   -6.245600   -3.138500   -0.318200 L
Si-Si3           -1   -5.639200    5.063400    2.581900 L
Si-Si3           -1   -5.639200   -2.499000    2.581900 L
Si-Si3           -1   -4.482800   -4.896600   -4.128100 L
Si-Si3           -1   -2.492200    4.985600    2.600700 L
Si-Si3           0    2.405200   -4.974400    1.725700 H
Si-Si3           -1   -2.492200   -2.421200    2.600700 L
Si-Si3           -1   -1.504900    5.709000   -0.281900 L
Si-Si3           -1    1.417900   -4.251000    4.608300 L
Si-Si3           0   -1.504900   -3.144600   -0.281900 H
Si-Si3           -1   -3.825000    5.120500   -2.197000 L
Si-Si3           -1    6.210000   -2.556100   -0.186600 L
Si-Si3           -1    6.210000    5.120500   -0.186600 L
Si-Si3           -1   -3.825000   -2.556100   -2.197000 L
Si-Si3           -1   -1.584500    2.885900    4.501000 L
Si-Si3           -1    1.497500   -7.074100   -0.174600 L
Si-Si3           -1   -1.584500   -0.321500    4.501000 L
Si-Si3           -1   -4.563700    2.832400   -4.055600 L
Si-Si3           -1    5.471300   -0.268000    1.672000 L
Si-Si3           -1    5.471300    2.832400    1.672000 L
Si-Si3           -1   -4.563700   -0.268000   -4.055600 L
Si-Si3           0    2.362400   -0.253400    1.802200 H
Si-Si3           -1    2.362400    2.817800    1.802200 L
Si-Si3           -1   -2.449400   -7.142200    2.524200 L
Si-Si3           -1    1.365200   -1.100800    4.613700 L
Si-Si3           -1    1.365200    3.665200    4.613700 L
Si-Si3           -1   -1.452200   -6.294800   -0.287300 L
O-O_3            0    2.509300   -2.372600   -1.330000 H
O-O_3            -1    2.509300    4.937000   -1.330000 L
O-O_3            -1   -6.255400    5.025700    1.141900 L
O-O_3            -1    3.779600   -2.461300   -3.525500 L H-H_      5
O-O_3            -1   -6.255400   -2.461300    1.141900 L
O-O_3            -1   -4.043000    5.057300    2.516100 L
O-O_3            -1   -4.043000   -2.492900    2.516100 L
O-O_3            -1   -2.050000    5.124200    1.066800 L
O-O_3            -1    1.963000   -4.835800    3.259600 L H-H_     12
O-O_3            -1   -2.050000   -2.559800    1.066800 L H-H_     16
O-O_3            -1   -2.417500    5.082900   -1.456200 L
O-O_3            -1   -2.417500   -2.518500   -1.456200 L H-H_     16
O-O_3            -1   -4.874800    5.385600   -1.081800 L
O-O_3            -1    5.160200   -2.821200   -1.301800 L H-H_      5
O-O_3            -1    5.160200    5.385600   -1.301800 L
O-O_3            -1   -4.874800   -2.821200   -1.081800 L
O-O_3            -1    3.932800   -0.627900    1.728400 L H-H_     28
O-O_3            -1    3.932800    3.192300    1.728400 L
O-O_3            -1    1.780500   -0.406600    3.171000 L H-H_     28
O-O_3            -1    1.780500    2.971000    3.171000 L
O-O_3            -1   -1.867500   -6.989000    1.155400 L
O-O_3            -1    1.541600   -2.649800    4.502300 L
O-O_3            -1   -1.628600   -4.745800   -0.175900 L H-H_     16
O-O_3            0    1.780500   -1.192000    0.646700 H
O-O_3            -1    1.780500    3.756400    0.646700 L
O-O_3            -1   -1.867500   -6.203600    3.679700 L
O-O_3            0    1.642100   -3.675900    1.058700 H
O-O_3            -1   -1.729100   -3.719700    3.267700 L
O-O_3            -1   -2.099000    3.672500    3.248900 L
O-O_3            -1    2.012000   -6.287500    1.077500 L H-H_     12
O-O_3            -1   -2.099000   -1.108100    3.248900 L
O-O_3            -1   -3.750300    3.682200   -2.968600 L
O-O_3            -1    6.284700   -1.117800    0.585000 L
O-O_3            -1    6.284700    3.682200    0.585000 L
O-O_3            -1   -3.750300   -1.117800   -2.968600 L
O-O_3            -1   -4.131200   -3.638200   -3.231600 L
O-O_3            -1   -0.011700    5.416000   -0.596000 L
O-O_3            -1   -0.075300   -4.544000    4.922400 L
O-O_3            0   -0.011700   -2.851600   -0.596000 H
O-O_3            -1   -0.075300   -0.580400    4.951900 L
O-O_3            -1   -0.075300    3.144800    4.951900 L
O-O_3            -1   -0.011700   -6.815200   -0.625500 L
O-O_3            -1   -1.495100    1.282200    4.172200 L
O-O_3            -1   -4.337000    1.282200   -3.755100 L
O-O_3            -1    5.698000    1.282200    1.371400 L
O-O_3            -1    2.141900    1.282200    1.384800 L H-H_     28
Si-Si3           -1    4.396000   -2.498600   -4.965500 L
H-H_             -1   -2.625600   -4.699000    5.481300 L
H-H_             -1   -2.496300    3.132400    5.652000 L
H-H_             -1   -2.496300   -0.568000    5.652000 L
H-H_             -1    3.781600   -1.427100   -5.797200 L
H-H_             -1    4.107600   -3.816500   -5.595700 L
H-H_             -1   5.863200   -2.257800   -4.884600 L
H-H_             -1  -3.930961   -6.088186   -3.467422 L
H-H_             -1   -5.951542   -4.902213   -4.188646 L
H-H_             -1   -3.904851   -4.932440   -5.479244 L
H-H_             -1   -3.956179   -0.646239   -5.339638 L
H-H_             -1   -5.994147   -0.602623   -4.108039 L
H-H_             -1   -3.956179    3.210639   -5.339638 L
H-H_             -1   -5.994147    3.167023   -4.108039 L
H-H_             -1    3.749102    7.171995   -2.097583 L
H-H_             -1   3.780450    5.084407   -3.398924 L
H-H_             -1    6.079173   -0.645773    2.956008 L
H-H_             -1    6.079183    3.210088    2.956029 L
H-H_             -1    3.871456   -4.906609    1.805688 L H-H_     12
H-H_             -1    5.915442   -3.597056    0.808662 L
H-H_             -1    7.510462   -2.521359   -0.871064 L
H-H_             -1    7.510462    5.085759   -0.871064 L
H-H_             -1    5.915442    6.161456    0.808662 L
H-H_             -1    2.249266   -4.821368    5.678071 L
H-H_             -1    1.417343   -8.512002    0.120207 L
H-H_             -1   -2.247638   -8.547306    2.906130 L
H-H_             -1   -3.877811   -6.801561    2.591327 L
H-H_             -1   -5.965375   -3.666403    3.413573 L
H-H_             -1   -6.191039   -1.307414    3.242578 L
H-H_             -1   -6.286277   -4.607584   -0.286009 L
H-H_             -1   -7.377035   -2.461548   -0.968194 L
H-H_             -1   -2.467641   -6.530165   -1.323824 L
H-H_             -1    2.393100   -6.730927   -1.288617 L
H-H_             -1    3.748723   -4.607584   -2.097591 L H-H_      5
H-H_             -1    1.624838    6.099073    0.919168 L
H-H_             -1    1.531105    5.122045    4.508928 L
H-H_             -1    2.380688    3.429825    5.650176 L
H-H_             -1    2.380688   -0.865425    5.650176 L
H-H_             -1   -6.191039    3.871814    3.242578 L
H-H_             -1   -5.965375    6.230803    3.413573 L
H-H_             -1   -7.377035    5.025948   -0.968194 L
H-H_             -1   -6.285898    7.171995   -0.286017 L
H-H_             -1   -4.119558    6.161456   -3.192262 L
H-H_             -1   -1.618258    7.171421   -0.185075 L
H-H_             -1   -1.811197    6.144402    3.195942 L

1 34 1.0 57 1.0 60 1.0 72 1.0
2 35 1.0 58 1.0 70 1.0 114 1.0
3 59 1.0 61 1.0 71 1.0 81 1.0
4 36 1.0 46 1.0 120 1.0 121 1.0
5 34 1.0 37 1.0 47 1.0 113 1.0
6 35 1.0 48 1.0 94 1.0 95 1.0
7 38 1.0 49 1.0 109 1.0 110 1.0
8 36 1.0 39 1.0 118 1.0 119 1.0
9 38 1.0 40 1.0 107 1.0 108 1.0
10 69 1.0 87 1.0 88 1.0 89 1.0
11 39 1.0 41 1.0 62 1.0 124 1.0
12 42 1.0 60 1.0 63 1.0 98 1.0
13 40 1.0 43 1.0 61 1.0 64 1.0
14 41 1.0 44 1.0 70 1.0 123 1.0
15 42 1.0 55 1.0 71 1.0 103 1.0
16 43 1.0 45 1.0 56 1.0 72 1.0
17 44 1.0 46 1.0 65 1.0 122 1.0
18 47 1.0 66 1.0 99 1.0 100 1.0
19 48 1.0 67 1.0 101 1.0 102 1.0
20 45 1.0 49 1.0 68 1.0 69 1.0
21 62 1.0 74 1.0 76 1.0 82 1.0
22 63 1.0 75 1.0 104 1.0 112 1.0
23 64 1.0 73 1.0 76 1.0 83 1.0
24 65 1.0 77 1.0 92 1.0 93 1.0
25 50 1.0 66 1.0 78 1.0 96 1.0
26 51 1.0 67 1.0 78 1.0 97 1.0
27 68 1.0 77 1.0 90 1.0 91 1.0
28 50 1.0 52 1.0 57 1.0 79 1.0
29 51 1.0 53 1.0 58 1.0 79 1.0
30 54 1.0 59 1.0 105 1.0 106 1.0
31 52 1.0 55 1.0 73 1.0 117 1.0
32 53 1.0 74 1.0 115 1.0 116 1.0
33 54 1.0 56 1.0 75 1.0 111 1.0
34
35
36
37 80 1.0
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80 84 1.0 85 1.0 86 1.0
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
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请各位高手帮忙啊，不胜感激。搞了几天了，都要抓狂了
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1楼 2009-06-30 21:51:42
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YYTDD1124

银虫 (小有名气)
★
longyun80(金币+1):谢谢参与
有没有高手啊？我也遇到同样的问题啊！
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2楼2009-09-05 08:56:06
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
longyun80(金币+1):谢谢参与
删掉geom=connectivity
删掉分子链接说明
删掉所有的0和-1（就是分子说明中的第二竖列）
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3楼2009-09-05 09:43:14
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jw227

木虫 (著名写手)

课题组长
★
longyun80(金币+1):谢谢参与
没有人答啊，帮你顶起来
赞一下(1人) 回复此楼
我是来消遣的
4楼2009-09-05 21:18:08
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angelxsw

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-09-05 09:43:14:
删掉geom=connectivity
删掉分子链接说明
删掉所有的0和-1（就是分子说明中的第二竖列）

请问为什么要删掉所有的0和-1呢？能解释一下吗？谢谢啦
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5楼2011-03-18 10:52:33
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莹莹的狗

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by angelxsw at 2011-03-18 10:52:33
请问为什么要删掉所有的0和-1呢？能解释一下吗？谢谢啦...

楼主这个问题解决没？
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6楼2019-06-18 21:07:31
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