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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】gassian计算中出现的错误
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waterlily1715

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】gassian计算中出现的错误 已有4人参与

计算出现了一下错误：
1 tetrahedral angles replaced.
    1 tetrahedral angles replaced.
Small interatomic distances encountered:
    50    1

    55   23

    56   22

    49   45

    51   44

    54   46
Problem with the distance matrix.
这个结构是实验数据得到的，不需要优化，请教高手怎样才能解决这个问题。
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1楼 2010-05-07 19:33:57
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
waterlily1715(金币+2): 2010-05-08 09:23:15
输入文件应该有错误。贴你的输入文件。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2010-05-08 07:20:14
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waterlily1715

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-05-08 07:20:14:
输入文件应该有错误。贴你的输入文件。

输入文件如下，请指正
%chk=svtzvp41029bmbs.chk
%nproc=1
# uB3LYP/genecp geom=connectivity scf=(conver=7) guess=mix

svtzvp41029bmbs

0 1
Cu
N                  1              B1
N                  1              B2    2              A1
N                  1              B3    2              A2    3              D1
C                  4              B4    1              A3    2              D2
H                  5              B5    4              A4    1              D3
C                  5              B6    4              A5    1              D4
H                  7              B7    5              A6    4              D5
C                  7              B8    5              A7    4              D6
C                  9              B9    7              A8    5              D7
H                 10             B10    9              A9    7              D8
H                 10             B11    9             A10    7              D9
H                 10             B12    9             A11    7             D10
C                  9             B13    7             A12    5             D11
H                 14             B14    9             A13    7             D12
C                  4             B15    1             A14    2             D13
H                 16             B16    4             A15    1             D14
C                  3             B17    1             A16    2             D15
C                  2             B18    1             A17    4             D16
O                  4             B19    1             A18    2             D17
S                 18             B20    3             A19    1             D18
S                 19             B21    2             A20    1             D19
Cu                 3             B22    1             A21    2             D20
N                 23             B23    3             A22    1             D21
N                  1             B24    2             A23   19             D22
N                  3             B25    1             A24    2             D23
C                 26             B26    3             A25    1             D24
H                 27             B27   26             A26    3             D25
C                 27             B28   26             A27    3             D26
H                 29             B29   27             A28   26             D27
C                 29             B30   27             A29   26             D28
C                 31             B31   29             A30   27             D29
H                 32             B32   31             A31   29             D30
H                 32             B33   31             A32   29             D31
H                 32             B34   31             A33   29             D32
C                 31             B35   29             A34   27             D33
H                 36             B36   31             A35   29             D34
C                 26             B37    3             A36    1             D35
H                 38             B38   26             A37    3             D36
C                 25             B39    1             A38    2             D37
C                 24             B40   23             A39    3             D38
O                 26             B41    3             A40    1             D39
S                 40             B42   25             A41    1             D40
S                 41             B43   24             A42   23             D41
S                  1             B44    2             A43   19             D42
S                 23             B45    3             A44    1             D43
N                 45             B46    1             A45    2             D44
C                 47             B47   45             A46    1             D45
S                 48             B48   47             A47   45             D46
Cu                20             B49    4             A48    1             D47
S                 41             B50   24             A49   23             D48
N                 46             B51   23             A50    3             D49
C                 52             B52   46             A51   23             D50
S                 53             B53   52             A52   46             D51
Cu                 3             B54    1             A53    2             D52
S                 19             B55    2             A54    1             D53
C                  3             B56    1             A55    2             D54
N                 29             B57   27             A56   26             D55
O                 26             B58    3             A57    1             D56
Cu                20             B59    4             A58    1             D57
N                 21             B60   18             A59    3             D58
C                  3             B61    1             A60    2             D59
N                 29             B62   27             A61   26             D60
O                 26             B63    3             A62    1             D61

   B1             1.91549835
   B2             4.07427886
   B3             2.85691954
   B4             1.34982761
   B5             0.92964020
   B6             1.35646633
   B7             0.92955270
   B8             1.39330896
   B9             1.48588589
   B10            0.95985489
   B11            0.95998292
   B12            0.95979711
   B13            1.37511997
   B14            0.93023285
   B15            1.34023000
   B16            0.92987078
   B17            1.14998248
   B18            1.15701197
   B19            1.33512829
   B20            1.64502178
   B21            1.62496713
   B22            1.92950987
   B23            1.91551733
   B24            1.92953102
   B25            2.83045993
   B26            1.34982761
   B27            0.92964020
   B28            1.35646633
   B29            0.92955270
   B30            1.39339319
   B31            1.48578918
   B32            0.95998403
   B33            0.95997392
   B34            0.95977374
   B35            1.37511997
   B36            0.93023285
   B37            1.34031583
   B38            0.92984173
   B39            1.14998248
   B40            1.15701197
   B41            1.33512829
   B42            1.64493712
   B43            1.62493084
   B44            2.90034778
   B45            2.90034778
   B46            2.78197125
   B47            1.15701197
   B48            1.62496713
   B49            1.96717211
   B50            1.62493084
   B51            2.78193493
   B52            1.15701197
   B53            1.62493084
   B54            1.92950987
   B55            1.62496713
   B56            1.14998248
   B57            2.34245423
   B58            1.33512829
   B59            1.96717211
   B60            2.79498598
   B61            1.14998248
   B62            2.34245423
   B63            1.33512829
   A1           128.76170094
   A2           110.40887120
   A3           121.75842645
   A4           120.02394039
   A5           119.89275376
   A6           119.25776372
   A7           121.42233925
   A8           122.11276929
   A9           109.44558769
   A10          109.47200466
   A11          109.49515139
   A12          116.60806379
   A13          119.45712080
   A14          106.56959737
   A15          119.90486831
   A16           35.39839720
   A17          163.29027870
   A18           37.22115776
   A19          179.57891890
   A20          179.72402626
   A21          128.69846916
   A22          177.31063009
   A23          177.30787830
   A24          160.38457408
   A25          106.31292622
   A26          120.02394039
   A27          119.89275376
   A28          119.25776372
   A29          121.42291855
   A30          122.10938654
   A31          109.44502405
   A32          109.48000424
   A33          109.50404674
   A34          116.60756701
   A35          119.45712080
   A36           89.03953177
   A37          119.89911879
   A38          163.05784540
   A39          163.29217168
   A40           76.74577315
   A41          179.57935440
   A42          179.72331364
   A43           89.77929039
   A44           92.91139247
   A45           95.86765777
   A46            0.16119761
   A47          179.72402626
   A48          118.53985091
   A49          179.72331364
   A50           95.86871556
   A51            0.16161235
   A52          179.72331364
   A53          128.69846916
   A54          179.72402626
   A55           35.39839720
   A56           29.97230088
   A57           76.74577315
   A58          118.53985091
   A59            0.17325034
   A60           35.39839720
   A61           29.97230088
   A62           76.74577315
   D1           176.28974460
   D2          -100.37345192
   D3            37.42493997
   D4          -142.63459563
   D5          -179.40796922
   D6             0.63164293
   D7          -175.54725969
   D8           167.38978777
   D9            47.38694732
   D10          -72.61664847
   D11            2.19992383
   D12          177.68223713
   D13          115.58932188
   D14          -31.99312258
   D15            5.19697759
   D16           17.52499651
   D17           -3.40795750
   D18           29.05041564
   D19           48.40019139
   D20          176.55150228
   D21           92.48012022
   D22          -68.55228467
   D23           -4.98946160
   D24          -58.31432219
   D25          -77.76560197
   D26          102.29393364
   D27          179.40796922
   D28           -0.63415041
   D29          175.54861433
   D30         -167.38728843
   D31          -47.39231777
   D32           72.62498287
   D33           -2.19753436
   D34         -177.68465342
   D35           63.42531892
   D36           68.06941025
   D37         -109.76147668
   D38           68.43516642
   D39         -174.83309885
   D40           -5.06043914
   D41          -49.05745850
   D42          111.05856955
   D43          -88.01929510
   D44          164.29699491
   D45         -158.69698634
   D46            0.00000000
   D47            0.00000000
   D48          -49.05745850
   D49           15.72225521
   D50          159.36222473
   D51            0.00000000
   D52          176.55150228
   D53           48.40019139
   D54            5.19697759
   D55            0.00000000
   D56         -174.83309885
   D57            0.00000000
   D58            0.00000000
   D59            5.19697759
   D60            0.00000000
   D61         -174.83309885

1 2 1.0 20 1.0 21 1.0 25 1.0 45 1.0
2 19 1.0
3 18 1.0 23 1.0
4 5 1.0 16 1.0 20 1.0
5 6 1.0 7 1.0
6
7 8 1.0 9 1.0
8
9 10 1.0 14 1.0
10 11 1.0 12 1.0 13 1.0
11
12
13
14 15 1.0 16 1.0
15
16 17 1.0
17
18 21 1.0
19 22 1.0
20
21
22
23 24 1.0 42 1.0 43 1.0 46 1.0
24 41 1.0
25 40 1.0
26 27 1.0 38 1.0 42 1.0
27 28 1.0 29 1.0
28
29 30 1.0 31 1.0
30
31 32 1.0 36 1.0
32 33 1.0 34 1.0 35 1.0
33
34
35
36 37 1.0 38 1.0
37
38 39 1.0
39
40 43 1.0
41 44 1.0
42
43
44
45
46
47 48 1.0
48 49 1.0
49 50 1.0
50
51
52 53 1.0
53 54 1.0
54 55 1.0
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64

C H N O S 0
sv
****
Cu 0
tzvp
****
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3楼2010-05-08 09:25:23
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exabyss916

新虫 (小有名气)
waterlily1715(金币+1): 2010-05-08 09:49:01
如果只是做通常的计算可以删除geom=connectivity
然后删掉那64行关于geom connectivity的信息
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4楼2010-05-08 09:38:45
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waterlily1715

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by exabyss916 at 2010-05-08 09:38:45:
如果只是做通常的计算可以删除geom=connectivity
然后删掉那64行关于geom connectivity的信息

这样做了还是会出现同样的错误，好像是结构的问题。
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5楼2010-05-08 09:48:57
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phenols

木虫 (小有名气)
★ ★
csfn(金币+2):谢谢参与交流 2010-05-08 10:23:04
waterlily1715(金币+1): 2010-05-08 10:45:56
Problem with the distance matrix

就是说你的分子结构中，某两个不相连原子的距离太小了，我曾经碰到这样的问题。
我的结构是采用SMILES码转的，结果到造成这种状况，但你的通过实验获得的，不知道为什么会这样。
采用什么软件打开看看吧
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6楼2010-05-08 10:03:56
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exabyss916

新虫 (小有名气)
★
csfn(金币+1):谢谢参与交流 2010-05-08 10:23:11
按照字面提示你的很多对Cu原子几乎有相同的坐标
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7楼2010-05-08 10:06:14
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waterlily1715

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by phenols at 2010-05-08 10:03:56:
Problem with the distance matrix

就是说你的分子结构中，某两个不相连原子的距离太小了，我曾经碰到这样的问题。
我的结构是采用SMILES码转的，结果到造成这种状况，但你的通过实验获得的，不知道为什么会这 ...

请问那你的那个问题是怎么解决的哪？
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8楼2010-05-08 10:57:03
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-05-08 16:01:14
waterlily1715(金币+5):感谢您的指点，这个问题已经解决了！ 2010-05-08 16:24:16
用gview看一下你的结构，发现出现大量的原子重叠。
   50    1                   <-------50号原子与1号原子重叠了
    55   23                   <-------55号原子与23号原子重叠了
    56   22                  <-------以下依次类推
    49   45
    51   44
    54   46
另外楼上说的，geom=connect可以删掉。后面的链接关系表也都删掉。然后把上面两列数据中的某一纵列的原子删掉，就是说砍掉重复的原子即可。
赞一下(1人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
9楼2010-05-08 14:44:46
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phenols

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by waterlily1715 at 2010-05-08 10:57:03:

请问那你的那个问题是怎么解决的哪？

我的问题与你的不一样，我的因为是通过SMILES码转过来的，用Chemoffice打开后，发现有些原子重叠在一起了，于是用MOPAC优化后，就符合实际情况了。
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10楼2010-05-09 10:08:17
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