24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2097  |  回复: 5

longyun80

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Problem with the distance matrix已有2人参与

我在用oniom优化一个分子筛晶体结构的时候,计算终止并提示Problem with the distance matrix. 有一部分原子时固定的,结构我是从CIF文件转化来的,请问如何解决这个问题,能继续优化下去?下面是输入的文件:
%chk=G:\gaussian in and out\new28T\32-1.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt oniom(b3lyp/6-31g(d):uff) geom=connectivity

Title Card Required

0 2 0 2 0 2
Al-Al3           0    1.497500   -2.492900   -0.110100 H
Si-Si3           -1    1.497500    5.057300   -0.110100 L
Si-Si3           -1   -1.584500   -4.902700    4.436500 L
Si-Si3           -1  -6.245600    5.702900   -0.318200 L
Si-Si3            0  3.789400   -3.138500   -2.065400 H
Si-Si3           -1    3.789400    5.702900   -2.065400 L
Si-Si3           -1   -6.245600   -3.138500   -0.318200 L
Si-Si3           -1   -5.639200    5.063400    2.581900 L
Si-Si3           -1   -5.639200   -2.499000    2.581900 L
Si-Si3           -1   -4.482800   -4.896600   -4.128100 L
Si-Si3           -1   -2.492200    4.985600    2.600700 L
Si-Si3           0    2.405200   -4.974400    1.725700 H
Si-Si3           -1   -2.492200   -2.421200    2.600700 L
Si-Si3           -1   -1.504900    5.709000   -0.281900 L
Si-Si3           -1    1.417900   -4.251000    4.608300 L
Si-Si3           0   -1.504900   -3.144600   -0.281900 H
Si-Si3           -1   -3.825000    5.120500   -2.197000 L
Si-Si3           -1    6.210000   -2.556100   -0.186600 L
Si-Si3           -1    6.210000    5.120500   -0.186600 L
Si-Si3           -1   -3.825000   -2.556100   -2.197000 L
Si-Si3           -1   -1.584500    2.885900    4.501000 L
Si-Si3           -1    1.497500   -7.074100   -0.174600 L
Si-Si3           -1   -1.584500   -0.321500    4.501000 L
Si-Si3           -1   -4.563700    2.832400   -4.055600 L
Si-Si3           -1    5.471300   -0.268000    1.672000 L
Si-Si3           -1    5.471300    2.832400    1.672000 L
Si-Si3           -1   -4.563700   -0.268000   -4.055600 L
Si-Si3           0    2.362400   -0.253400    1.802200 H
Si-Si3           -1    2.362400    2.817800    1.802200 L
Si-Si3           -1   -2.449400   -7.142200    2.524200 L
Si-Si3           -1    1.365200   -1.100800    4.613700 L
Si-Si3           -1    1.365200    3.665200    4.613700 L
Si-Si3           -1   -1.452200   -6.294800   -0.287300 L
O-O_3            0    2.509300   -2.372600   -1.330000 H
O-O_3            -1    2.509300    4.937000   -1.330000 L
O-O_3            -1   -6.255400    5.025700    1.141900 L
O-O_3            -1    3.779600   -2.461300   -3.525500 L H-H_      5
O-O_3            -1   -6.255400   -2.461300    1.141900 L
O-O_3            -1   -4.043000    5.057300    2.516100 L
O-O_3            -1   -4.043000   -2.492900    2.516100 L
O-O_3            -1   -2.050000    5.124200    1.066800 L
O-O_3            -1    1.963000   -4.835800    3.259600 L H-H_     12
O-O_3            -1   -2.050000   -2.559800    1.066800 L H-H_     16
O-O_3            -1   -2.417500    5.082900   -1.456200 L
O-O_3            -1   -2.417500   -2.518500   -1.456200 L H-H_     16
O-O_3            -1   -4.874800    5.385600   -1.081800 L
O-O_3            -1    5.160200   -2.821200   -1.301800 L H-H_      5
O-O_3            -1    5.160200    5.385600   -1.301800 L
O-O_3            -1   -4.874800   -2.821200   -1.081800 L
O-O_3            -1    3.932800   -0.627900    1.728400 L H-H_     28
O-O_3            -1    3.932800    3.192300    1.728400 L
O-O_3            -1    1.780500   -0.406600    3.171000 L H-H_     28
O-O_3            -1    1.780500    2.971000    3.171000 L
O-O_3            -1   -1.867500   -6.989000    1.155400 L
O-O_3            -1    1.541600   -2.649800    4.502300 L
O-O_3            -1   -1.628600   -4.745800   -0.175900 L H-H_     16
O-O_3            0    1.780500   -1.192000    0.646700 H
O-O_3            -1    1.780500    3.756400    0.646700 L
O-O_3            -1   -1.867500   -6.203600    3.679700 L
O-O_3            0    1.642100   -3.675900    1.058700 H
O-O_3            -1   -1.729100   -3.719700    3.267700 L
O-O_3            -1   -2.099000    3.672500    3.248900 L
O-O_3            -1    2.012000   -6.287500    1.077500 L H-H_     12
O-O_3            -1   -2.099000   -1.108100    3.248900 L
O-O_3            -1   -3.750300    3.682200   -2.968600 L
O-O_3            -1    6.284700   -1.117800    0.585000 L
O-O_3            -1    6.284700    3.682200    0.585000 L
O-O_3            -1   -3.750300   -1.117800   -2.968600 L
O-O_3            -1   -4.131200   -3.638200   -3.231600 L
O-O_3            -1   -0.011700    5.416000   -0.596000 L
O-O_3            -1   -0.075300   -4.544000    4.922400 L
O-O_3            0   -0.011700   -2.851600   -0.596000 H
O-O_3            -1   -0.075300   -0.580400    4.951900 L
O-O_3            -1   -0.075300    3.144800    4.951900 L
O-O_3            -1   -0.011700   -6.815200   -0.625500 L
O-O_3            -1   -1.495100    1.282200    4.172200 L
O-O_3            -1   -4.337000    1.282200   -3.755100 L
O-O_3            -1    5.698000    1.282200    1.371400 L
O-O_3            -1    2.141900    1.282200    1.384800 L H-H_     28
Si-Si3           -1    4.396000   -2.498600   -4.965500 L
H-H_             -1   -2.625600   -4.699000    5.481300 L
H-H_             -1   -2.496300    3.132400    5.652000 L
H-H_             -1   -2.496300   -0.568000    5.652000 L
H-H_             -1    3.781600   -1.427100   -5.797200 L
H-H_             -1    4.107600   -3.816500   -5.595700 L
H-H_             -1   5.863200   -2.257800   -4.884600 L
H-H_             -1  -3.930961   -6.088186   -3.467422 L
H-H_             -1   -5.951542   -4.902213   -4.188646 L
H-H_             -1   -3.904851   -4.932440   -5.479244 L
H-H_             -1   -3.956179   -0.646239   -5.339638 L
H-H_             -1   -5.994147   -0.602623   -4.108039 L
H-H_             -1   -3.956179    3.210639   -5.339638 L
H-H_             -1   -5.994147    3.167023   -4.108039 L
H-H_             -1    3.749102    7.171995   -2.097583 L
H-H_             -1   3.780450    5.084407   -3.398924 L
H-H_             -1    6.079173   -0.645773    2.956008 L
H-H_             -1    6.079183    3.210088    2.956029 L
H-H_             -1    3.871456   -4.906609    1.805688 L H-H_     12
H-H_             -1    5.915442   -3.597056    0.808662 L
H-H_             -1    7.510462   -2.521359   -0.871064 L
H-H_             -1    7.510462    5.085759   -0.871064 L
H-H_             -1    5.915442    6.161456    0.808662 L
H-H_             -1    2.249266   -4.821368    5.678071 L
H-H_             -1    1.417343   -8.512002    0.120207 L
H-H_             -1   -2.247638   -8.547306    2.906130 L
H-H_             -1   -3.877811   -6.801561    2.591327 L
H-H_             -1   -5.965375   -3.666403    3.413573 L
H-H_             -1   -6.191039   -1.307414    3.242578 L
H-H_             -1   -6.286277   -4.607584   -0.286009 L
H-H_             -1   -7.377035   -2.461548   -0.968194 L
H-H_             -1   -2.467641   -6.530165   -1.323824 L
H-H_             -1    2.393100   -6.730927   -1.288617 L
H-H_             -1    3.748723   -4.607584   -2.097591 L H-H_      5
H-H_             -1    1.624838    6.099073    0.919168 L
H-H_             -1    1.531105    5.122045    4.508928 L
H-H_             -1    2.380688    3.429825    5.650176 L
H-H_             -1    2.380688   -0.865425    5.650176 L
H-H_             -1   -6.191039    3.871814    3.242578 L
H-H_             -1   -5.965375    6.230803    3.413573 L
H-H_             -1   -7.377035    5.025948   -0.968194 L
H-H_             -1   -6.285898    7.171995   -0.286017 L
H-H_             -1   -4.119558    6.161456   -3.192262 L
H-H_             -1   -1.618258    7.171421   -0.185075 L
H-H_             -1   -1.811197    6.144402    3.195942 L

1 34 1.0 57 1.0 60 1.0 72 1.0
2 35 1.0 58 1.0 70 1.0 114 1.0
3 59 1.0 61 1.0 71 1.0 81 1.0
4 36 1.0 46 1.0 120 1.0 121 1.0
5 34 1.0 37 1.0 47 1.0 113 1.0
6 35 1.0 48 1.0 94 1.0 95 1.0
7 38 1.0 49 1.0 109 1.0 110 1.0
8 36 1.0 39 1.0 118 1.0 119 1.0
9 38 1.0 40 1.0 107 1.0 108 1.0
10 69 1.0 87 1.0 88 1.0 89 1.0
11 39 1.0 41 1.0 62 1.0 124 1.0
12 42 1.0 60 1.0 63 1.0 98 1.0
13 40 1.0 43 1.0 61 1.0 64 1.0
14 41 1.0 44 1.0 70 1.0 123 1.0
15 42 1.0 55 1.0 71 1.0 103 1.0
16 43 1.0 45 1.0 56 1.0 72 1.0
17 44 1.0 46 1.0 65 1.0 122 1.0
18 47 1.0 66 1.0 99 1.0 100 1.0
19 48 1.0 67 1.0 101 1.0 102 1.0
20 45 1.0 49 1.0 68 1.0 69 1.0
21 62 1.0 74 1.0 76 1.0 82 1.0
22 63 1.0 75 1.0 104 1.0 112 1.0
23 64 1.0 73 1.0 76 1.0 83 1.0
24 65 1.0 77 1.0 92 1.0 93 1.0
25 50 1.0 66 1.0 78 1.0 96 1.0
26 51 1.0 67 1.0 78 1.0 97 1.0
27 68 1.0 77 1.0 90 1.0 91 1.0
28 50 1.0 52 1.0 57 1.0 79 1.0
29 51 1.0 53 1.0 58 1.0 79 1.0
30 54 1.0 59 1.0 105 1.0 106 1.0
31 52 1.0 55 1.0 73 1.0 117 1.0
32 53 1.0 74 1.0 115 1.0 116 1.0
33 54 1.0 56 1.0 75 1.0 111 1.0
34
35
36
37 80 1.0
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80 84 1.0 85 1.0 86 1.0
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124

请各位高手帮忙啊,不胜感激。搞了几天了,都要抓狂了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YYTDD1124

银虫 (小有名气)


longyun80(金币+1):谢谢参与
有没有高手啊?我也遇到同样的问题啊!
2楼2009-09-05 08:56:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


longyun80(金币+1):谢谢参与
删掉geom=connectivity
删掉分子链接说明
删掉所有的0和-1(就是分子说明中的第二竖列)
3楼2009-09-05 09:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jw227

木虫 (著名写手)

课题组长


longyun80(金币+1):谢谢参与
没有人答啊,帮你顶起来
我是来消遣的
4楼2009-09-05 21:18:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

angelxsw

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-09-05 09:43:14:
删掉geom=connectivity
删掉分子链接说明
删掉所有的0和-1(就是分子说明中的第二竖列)

请问为什么要删掉所有的0和-1呢?能解释一下吗?谢谢啦
5楼2011-03-18 10:52:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

莹莹的狗

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by angelxsw at 2011-03-18 10:52:33
请问为什么要删掉所有的0和-1呢?能解释一下吗?谢谢啦...

楼主这个问题解决没?
6楼2019-06-18 21:07:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 longyun80 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见