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crystalrose

新虫 (初入文坛)

[求助] psi-blast使用求助

您好,最近使用psi-blast时本地输入以下命令psiblast -query seq.fasta -db db -num_threads 15 -out outfile.txt -outfmt 6后得到一些结果,但是增加迭代次数参数-num_interations 2后出现警告并说Frequency ratios for PSSM are all zeros, frequency ratios for BLOSUM62 will be used during traceback in composition based statistics.为什么pssm会全部为0?是否需要加载pssm文件,如果是的话这个文件时从哪里产生的?为什么默认参数时没有这个报错?刚开始使用,不太懂,求大神指教!跪谢!
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