24小时热门版块排行榜    

查看: 2231  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shully

新虫 (小有名气)

[求助] DGGE切胶回收后测序,结果全是双峰?! 已有3人参与

送出去测序,73个样品,只有4个是已通,其余的全是双峰。请问这是怎么回事呢?
切胶后回收的PCR程序没有用之前的那个,是一个简单得多的,是因为这个原因吗?
还是我切胶的技术太差,全割成几个条带一块儿的了?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shully

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 微基生物 at 2014-11-14 15:03:19
你是TA克隆后做的测序吗?

不是,我们这边没条件,是PCR后送到外边去测序,好像说如果结果不好再TA克隆吧
3楼2014-11-14 16:10:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员

感谢参与,应助指数 +1
youlinglyw: 应助指数-1, 非应助 2014-11-22 12:13:54
你是TA克隆后做的测序吗?
专注微生物多样性分析QQ2758452825
2楼2014-11-14 15:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myrazhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

看你的样品是不是微生物量很丰富,如果微生物量较大,相似微生物群落较多的话,可能是你的DGGE并没彻底分开不同菌株,所以建议优化变性剂的梯度~或者切胶回收的DNA样品,再用相同带GC夹子的引物PCR,扩增产物再做DGGE,这样既能检测是否单条带,又能再次分离杂条带。
但是,据 Yang 和 Crowley ( 2004 )的研究发现有时同一 DGGE 条带可能含有两种或两种以上的微生物。所以~DGGE能反映多样性和丰富度,但是作为菌群检测,还是应该选择更先进的方法了哈~
4楼2014-11-17 17:04:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shully

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by myrazhang at 2014-11-17 17:04:28
看你的样品是不是微生物量很丰富,如果微生物量较大,相似微生物群落较多的话,可能是你的DGGE并没彻底分开不同菌株,所以建议优化变性剂的梯度~或者切胶回收的DNA样品,再用相同带GC夹子的引物PCR,扩增产物再做DG ...

我有这样做过,用第一次DGGE梯度,将切割回收的样品用带GC夹子引物PCR后再次用相同梯度浓度DGGE,但结果的条带都不在原来的位置了,而且都有很多条
5楼2014-11-20 10:14:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +19 羊腰板 2026-08-21 22/1100 2026-08-25 10:38 by popular289
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见