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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何分析基因序列
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王俊洋95

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何分析基因序列 已有4人参与

新手一枚，求教如何对现有的一段基因进行分析，以得到哪是起始密码子、阅读框和终止密码子序列以及启动子和终止子等结构？听说可以用在线服务器，但不知道在哪儿找的到。。。。。。拜谢
比如基因序列为GACTTGGAGGAGAATGATATGTCCCCCAAGTAGTCCCTTGACAAAATGGTAAAGTTCCCATTGGTTGCAAATGGGTGTATAAAGTCAAATATCACTTCAATGGTTCTGTTGAACGATCTAAAGCCCAAGTGGTGGGTAAAGGTTTTA
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1楼 2014-11-09 10:39:20
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
王俊洋95(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-11-09 20:05:10
给你推荐一个基因识别的在线工具，FGENESH http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind
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2楼2014-11-09 11:11:51
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王俊洋95

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-09 11:11:51
给你推荐一个基因识别的在线工具，FGENESH http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

这个只是识别，没有分析啊，好像没有有用的信息吧？
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3楼2014-11-09 19:42:01
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-10 16:22:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 王俊洋95 at 2014-11-09 19:42:01
这个只是识别，没有分析啊，好像没有有用的信息吧？...

这个可以分析基因转录起始位点、翻译起始位点、内含子、外显子、编码区、翻译种质位点、转录终止位点，不就是你想要的吗？
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4楼2014-11-09 19:48:45
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意萧02

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-11-10 16:22:42
gramene或者rgp网站都可以预测的

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-11-09 20:22:53
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王俊洋95

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-09 19:48:45
这个可以分析基因转录起始位点、翻译起始位点、内含子、外显子、编码区、翻译种质位点、转录终止位点，不就是你想要的吗？...

但我不会用。。。
可以的话能否给截图说一下，不胜感激
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6楼2014-11-11 09:29:35
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longanzz

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你得到的序列，是基因组序列吗？如果是cDNA序列很好找起始密码子、阅读框和终止密码子序列，基因组序列可能会含有启动子序列。
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7楼2014-11-11 11:33:07
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
王俊洋95: 金币+5, 我试了下，这个效果不大好 2014-11-12 10:24:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by 王俊洋95 at 2014-11-11 09:29:35
但我不会用。。。
可以的话能否给截图说一下，不胜感激...

打开页面后，如下图，①框中贴入序列，②框中选择相应物种，如没有你的物种则选择近缘物种，点击③框中submit，结果就是对该基因内相关结构的预测分析，一看就明白。
如何分析基因序列
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8楼2014-11-11 14:51:29
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VDCharles

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
尝试质谱，发展方向
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9楼2014-11-11 20:59:55
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