| 查看: 1619 | 回复: 4 | |||
po390金虫 (小有名气)
|
[求助]
NAMD/VMD 构建真空层 已有1人参与
|
|
目前，我用VMD/NAMD构建一个纳米水通道模型，水通道的上下，构建盐水层和清水层，构建的方式采用的是图中b的方式（图片来源： F.E. Herrera, S. Pantano, Salt induced asymmetry in membrane simulations by partial restriction of ionic motion, J. Chem. Phys. 130 (2009) 195105. doi:10.1063/1.3132705. ），这是类似二维边界条件的一种方式，但在NAMD中运行时，除了固定的膜外，水分子与盐离子总是会跑到一起去，请问是我构建模型的问题吗？具体在VMD中真空层（vacuum salb）应该如何设置呢？ 请高手指教了！！ P.S. 真空层的厚度设置为15埃左右。  无标题.png |
回复此楼» 猜你喜欢
284求调剂
已经有10人回复
-
一志愿山东大学药学学硕求调剂
已经有4人回复
-
07化学280分求调剂
已经有4人回复
-
298-一志愿中国农业大学-求调剂
已经有12人回复
-
求材料，环境专业调剂
已经有3人回复
-
335求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
一志愿吉大化学322求调剂
已经有4人回复
-
环境学硕288求调剂
已经有8人回复
-
341求调剂(一志愿湖南大学070300)
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子动力学模拟时如何利用周期性边界条件？？
已经有5人回复
- 【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
已经有8人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】有人模拟过电泳吗
已经有9人回复
- 【求助】水盒子问题
已经有17人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-10-27 23:03:17
po390
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1411.5
- 散金: 20
- 帖子: 106
- 在线: 75.2小时
- 虫号: 1442167
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
|
那请问在NAMD中具体应该如何操作呢？我试过用tclbc给盐水施加压力，没有效果。 关掉控压，采用NVT系综的话，只要注释掉下方这些语句可以吗？ useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 1000.0 langevinPistonDecay 500.0 langevinPistonTemp $temperature |
3楼2014-10-28 00:12:12
weili201
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2726
- 散金: 200
- 帖子: 297
- 在线: 99.3小时
- 虫号: 1027262
- 注册: 2010-05-24
- 专业: 敏感电子学与传感器
4楼2014-10-28 20:05:04
yj112358
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.4
- 散金: 16
- 帖子: 96
- 在线: 103.5小时
- 虫号: 2837253
- 注册: 2013-11-29
- 专业: 胶体与界面化学
5楼2016-12-20 12:00:40
10