[求助] NAMD/VMD 构建真空层 已有1人参与

目前，我用VMD/NAMD构建一个纳米水通道模型，水通道的上下，构建盐水层和清水层，构建的方式采用的是图中b的方式（图片来源： F.E. Herrera, S. Pantano, Salt induced asymmetry in membrane simulations by partial restriction of ionic motion, J. Chem. Phys. 130 (2009) 195105. doi:10.1063/1.3132705. ），这是类似二维边界条件的一种方式，但在NAMD中运行时，除了固定的膜外，水分子与盐离子总是会跑到一起去，请问是我构建模型的问题吗？具体在VMD中真空层（vacuum salb）应该如何设置呢？ 请高手指教了！！ P.S. 真空层的厚度设置为15埃左右。 无标题.png

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