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po390

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[求助] NAMD/VMD 构建真空层已有1人参与

目前，我用VMD/NAMD构建一个纳米水通道模型，水通道的上下，构建盐水层和清水层，构建的方式采用的是图中b的方式（图片来源： F.E. Herrera, S. Pantano, Salt induced asymmetry in membrane simulations by partial restriction of ionic motion, J. Chem. Phys. 130 (2009) 195105. doi:10.1063/1.3132705.
），这是类似二维边界条件的一种方式，但在NAMD中运行时，除了固定的膜外，水分子与盐离子总是会跑到一起去，请问是我构建模型的问题吗？具体在VMD中真空层（vacuum salb）应该如何设置呢？
请高手指教了！！

P.S. 真空层的厚度设置为15埃左右。

无标题.png

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1楼 2014-10-26 12:06:17

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po390

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by fhh2626 at 2014-10-27 23:03:17
当然会穿过去。。。
如果你要用B中的方法的话，就要关掉控压，使用NVT系综，并且用tclBC不让其他原子跑到真空中去

那请问在NAMD中具体应该如何操作呢？我试过用tclbc给盐水施加压力，没有效果。
关掉控压，采用NVT系综的话，只要注释掉下方这些语句可以吗？
useGroupPressure    yes ;# needed for 2fs steps
useFlexibleCell    no ;# no for water box, yes for membrane
useConstantArea    no  ;# no for water box, yes for membrane

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  1000.0
langevinPistonDecay 500.0
langevinPistonTemp $temperature